بحث از نفس و روح از دیر باز در آثار فیلسوفان بوده و به کرات در قرآن از نفس و روح سخن به میان آمده فیلسوفان حکمت متعالیه نیز همچون فیلسوفان دیگر از این مباحث بحث کرده در قرآن نفس و روح با دو نوع نگاه مطرح شده است در آیاتی مانند «نفخت فیه من روحی»، «قل الروح من امر ربی»، از روح با عظمت یاد شده است اما نفس با ترکیب¬های همچون «نفس اماره» جنبه منفی و مورد ذم قرار گرفته است و یا اینکه روح همیشه در قرآن به صورت مفرد به کار رفته در حالی که نفس هم به صوررت مفرد و هم جمع به کار رفته است؛ برخی مفسران دوگانگی روح و نفس ناطقه را نوشته و انسان را متشکل از بدن و روح و نفس دانسته¬اند ولی وجود چنین آیاتی دال بر دوگانگی روح و نفس نیست. در حکمت متعالیه روح و نفس ناطقه که حقیقت وجودی انسان را تشکیل می¬دهند واحد هستند و نفس با سیر تکاملی خود و با حرکت جوهری از نفس نباتی به نفس حیوانی و از حیوانی به نفس ناطقه می¬رسد.

حرکت خروج تدریجی چیزی از قوه به سوی فعلیت است و آن چیزی موضوع حرکت است که مرکب از قوه و فعل باشد و حرکت و تغییر از ویژگی های ماده است چون آن چیزی که حرکت می کند مرکب از قوه و فعل است و ماده هم دارای قوه است، پس ماده حرکت می کند و حرکت از صفات امر مادی است. ولی مجردات با این که قوه ندارند ولی نسبت به کمال مطلق بالقوه اند و هر بالقوه ای در جهت رسیدن به فعلیت حرکت می کند، پس مجرد نیز در جهت کمال مطلق حرکت می کند. و همچنین مجردات از نظر اکثر فلاسفه اسلامی حرکت می کنند. و اکثر فیلسوفان اسلامی حرکت در مصادیق مجردات (نفس، عقل و ملائکه) را پذیرفته اند. و اکثر آنان معتقدند که مجردات حرکت از نوع قوه و فعل ندارند ولی به حرکت خاص مجردات قائل هستند. و قرآن نیز حرکت مجردات را تأیید می نماید و حرکت در مجردات یا مانند حرکت نفس در جهت رسیدن به کمال مطلق (خداوند) است و یا مانند حرکت ملائکه در جهت انجام اوامر الهی است.البته برخی از معاصرین حتی حرکت به معنای مشهور را در مجردات پذیرفته اند.

مفهوم سیاست در نگرش حکمت متعالیه ی ملاصدرا و امام خمینی(ره) پیوندی ناگسستنی و ارتباطی معنادار با مبانی هستی شناسی- از قبیل اصالت وجود، فقر وجودی ممکنات، وحدت شخصیه ی وجود، حرکت جوهری – و مبانی معرفت شناسی، انسان شناسی و ولی و امام شناسی آنان دارد. ملاصدرا و امام خمینی با اتفاق در مبانی فلسفی سیاست سعادت انسان در دنیا و آخرت را در گروِ تنظیم تمام ابعاد زندگی و از جمله زندگی اجتماعی بر اساس قانون الهی و به رهبری نبی و ولی یا فقهای جامع شرایط در دوران غیبت دانسته اند و هر نوع برنامه و سیاستی که خالی از شریعت خداوندی باشد را طاغوتی خوانده و به مانند جسد و کالبدی بی روح دانسته اند که جز خسران دنیوی و اخروی و خروج از درجه ی انسانیت به درجه ی بهیمیت سودی برای انسان ندارد،و تنها وجه افتراق میان ملاصدرا و امام خمینی در باب ملازمه ی سیاست و شریعت در اینست که ملاصدرا سیاست را امری می داند که در خدمت شریعت است ولیکن امام خمینی سیاست را برآمده از متن شریعت می داند.