اشریشیا کلای یوروپاتوژنیک، عامل بیماری¬زای اصلی در عفونت¬های مجاری ادراری است. این سویه¬ها فاکتورهای ویرولانس مهمی از جمله آدهسین¬ها، سیدروفورها و توکسین¬ها را حمل می¬کنند که به پیشرفت بیماری عفونت ادراری کمک می¬کند. اولین قدم برای مقابله و مهار این پاتوژن شناسایی فاکتورهای مهم ویرلانس آن است. مطالعات فیلوژنتیک نشان داده است که این باکتری¬ها در چهار گروه a، b1، b2 و d قرار می¬گیرند و نوع گروه فیلوژنتیکی این میکروارگانیسم¬ها نقش مهمی در بیماری¬زایی آن¬ها دارد. هدف اصلی این پژوهش تعیین فراوانی ژن¬های کد کننده فاکتورهای ویرولانس توکسین¬ها(cnf1 و hlya)، سیستم جذب آهن(iucd،iron و irp2)، آدهسین¬ها(fimh و iha)و پروتئاز غشای خارجی(ompt) و همچنین تعیین نوع گروه¬های فیلوژنتیکی به روش multiplex pcr بود. در مجموع از 100 ایزوله¬ی اشریشیا کلای مورد مطالعه، ژن fimh با 95% بیشترین فراوانی و ژن cnf1 با 28% کمترین فراوانی ژنی را داشتند. فراوانی ژنی برای ژن¬های hlya، iron، iucd، iha، irp2 و ompt به ترتیب 32%، 29%، 69%، 29%، 89% و 67% مشاهده گردید. تعداد 55، 22، 17 و 7 ایزوله به ترتیب به گروه¬های b2، d، a و b1 تعلق داشتند. بیشترین توزیع ژنی ژن¬های ویرولانس در گروه b2 و کمترین در گروه¬های a وb1 مشاهده شد. بیشترین ارتباط معنی¬داری بین گروه¬های فیلوژنتیکی و ژن¬های ویرولانس در ایزوله¬های متعلق به گروه-های a و b2 مشاهده گردید. ایزوله¬های گروه b1 با توزیع هیچ ژنی رابطه معنی¬داری نداشت(p value ? 0.05). این مطالعه نشان داد که ژن¬های ompt، iucd، irp2 و fimh و همچنین گروه فیلوژنتیکی b2 در ایزوله¬های منطقه سیستان فراوان¬تر و مهم¬تر هستند