جمع آوری ژرم پلاسم اولین قدم در راه اصلاح گیاهان است. در این پژوهش تنوع ژنتیکی 20 ژنوتیپ خیار ایرانی با استفاده از نشانگرهای مورفولوژیک و مولکولیssr بررسی گردید. در مجموع از 10 جفت آغازگر برای تکثیر قطعاتی از dna ژنومی گیاه استفاده شد. دی ان آی ژنومی استخراج شده از نمونه های گیاهی با این آغازگرها تکثیر و محصولات حاصل با استفاده از ژل پلی اکریل آمید الکتروفورز شدند. در این بررسی 61 مکان ژنی امتیازبندی شدند که از این تعداد 41 مکان چندشکلی نشان دادند. برای ارزیابی شباهت ژنتیکی میان توده ها از تحلیل خوشه ای با استفاده از ضریب تشابه جاکارد با روش upgma استفاده گردید. میانگین فاصله ژنتیکی میان توده ها (با استفاده از ضریب تشابه جاکارد) 74/0 و میانگین محتوای اطلاعات چندشکل (pic ) 66/0 بود. آغازگر p8 بالاترین مقدار pic (8/0) را دارا بود. بررسی دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای داده های مولکوی تنوع بالایی را در بین ژنوتیپهای مورد مطالعه نشان داد. بیشترین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپ های tn-94-218 و tn-94-186 و کمترین فاصله ژنتیکی بین ژنوتیپهای tn-94-154 و tn-94-163 بود. با توجه به نتایج و مشخص شدن کارآیی این نشانگر در تفکیک توده ها، جمع آوری و ارزیابی مولکولی ژنوتیپ ها از سایر نواحی پراکنش این جنس در منطقه، می تواند اطلاعات تکمیلی در ارتباط با تنوع و تاکسونومی این جنس فراهم نماید.