مقدمه: باکتر?های سالمونلا و شیگلا از پاتوژن های مهم روده ای بوده و به ترتیب موجب ب?مار?های حصبه و اسـهال (اسـهال خـون? ) می شوند. بیماری های اسهالی در بسیاری از کشورهای دنیا به ویژه کشورهای در حال توسعه یکی از عوامل مهـم مـرگ و میـر بـه حساب میآیند. اهداف: هدف این مطالعه نشان دادن میزان شیوع ژن های مقاومت به تتراسایکلین، بررسی کاست های ژنی اینتگره شده در اینتگرون های کلاس i و ii و ژنوتایپینگ جدایه های مقاوم به تتراسایکلین سالمونلا و شیگلا می باشد. مواد و روش ها: در مجموع تعداد 70 جدایه شیگلا و 42 جدایه سالمونلا از نمونه های مدفوع جمع آوری شده از کودکان زیر 5 سال مراجعه کننده با علائم تب، اسهال توأم با بلغم گاهی همراه خون، تهوع و استفراغ، دل پیچه و درد شکم به 3بیمارستان در تهران در سال 1391-1392 جداسازی گردید. آنتی بیوگرام و تعیین mic تتراسایکلین با استفاده از روش دیسک دیفیوژن و آگار دایلوشن صورت گرفت. حضور و محتوای کاست های ژنی اینتگرون کلاس i و iiبا استفاده از روش pcr و تعیین توالی انجام گردید. ژنوتایپینگ همه ی جدایه ها با استفاده از روش pfge صورت گرفت. یافته ها: در بررسی الگوی آنتی بیوگرام درجدایه های شیگلا، بیشترین مقاومت به استرپتومایسین (98%) و کمترین مقاومت به سیپروفلوکساسین (0%) و در جدایه های سالمونلا بیشترین مقاومت به مینوسایکلین (5/78%) و کمترین مقاومت به جنتامایسین (0%) مشاهده شد. تکثیر منطقه متغیر کاست های ژنی اینتگرون کلاس i باندهای750bp و 1600bp در جدایه های شیگلا ایجاد کرد که در تعیین توالی در ارتباط با کاست های ژنی dfra7 و aada5/dfra17 بودند. در جدایه های سالمونلا باندهای1000bp و 1000-1200bp منطقه متغیر، پس از تعیین توالی کاست های ژنی aada1 و aada1/blapse1 را نشان داد. در اینتگرون کلاس ii کاست های ژنیdfra1/ sat1 وdfra1/ sat 1/aada1 مشاهده شدند که فقط در جدایه های شیگلاحضور داشتند. دترمینانت های teta و tetbبه ترتیب در (8/23% و 9/11%) جدایه های سالمونلا و (7/75% و 42/21%) جدایه های شیگلا مشاهده شد در حالیکه هیچکدام از جدایه های سالمونلا و شیگلا tetc و tetd را نداشتند.یافته های حاصل از ژنوتایپینگ نشان داد که مجموع 7/75% از جدایه های شیگلا دارای پالسوتایپ های یکسان می باشند که این نشان دهنده این مطلب است که سویه ها از یک کلون واحد مشتق شده اند. نتیجه گیری: نتایج حاصل از آنالیز الگوهای pfge و بررسی توزیع دترمینانت های مقاومتی تتراسایکلین و اینتگرون های کلاسi و ii، بیانگر وقوع یک همه گیری ناشی از شیگلا در تهران می باشد. جدایه هایمقاوم به تتراسایکلین سالمونلا جمعیت متنوع تری را درمیان کودکان مبتلا به اسهال تشکیل می دهند.