عقل و قلب به مثابه دو نمونه از ابزارهای شناخت خداوند متعال ، جایگاه رفیعی بین فلاسفه و عرفا دارند. برخی قائل به تعطیل عقل اند و برخی برای شناخت عقلی ارزشی قائل نیستندو فقط به معرفت قلبی و شهودی بسنده می کنند. ملاصدرا هم به معرفت عقلی اهمیت می دهد و آن را ممکن می داند و هم به معرفت قلبی و شهودی . ایشان هرچند معرفت حقیقی را معرفت قلبی می داند ولی معرفت عقلی را به عنوان مقدمه، لازم می داند و کسانی که به برهان یقینی اهمیت نمی دهند را سرزنش می کند. ملاصدرا برای معرفت عقلی خداوند، مانع و محدودیتی قائل نیست، مگر کنه ذات خداوند متعال. و در اکثر آثار خود به معرفت عقلی خداوند پرداخته است. البته حدّ و مرز معرفت عقلی، ذهن است و عقل از دایره ذهن که با مفهوم و ماهیت سروکار دارد نمی تواند بیرون رود و به عبارت دیگر شناخت عقلی خداوند، شناخت مفهومی و ذهنی است، نه مصداقی و خارجی. بنابراین در معرفت عقلی به وجود خارجی خداوند دسترسی نخواهیم داشت. ملاصدرا برای معرفت قلبی نیز حدّ و مرزی قائل نیست، الّا کنه ذات خداوند که قابل شناسایی نیست. البته انسان با قلب خود می تواند خداوند را بشناسد و به او نزدیک شود تا جایی که غیر از او نبیند بلکه خود و شهود قلبی خود را هم نبیند.از نظر ملاصدرا هر دو معرفت عقلی و قلبی دارای دارای مراتب و درجاتی است که هر انسانی به اندازه توان و ظرفیت وجودی خود می تواند به آن برسد. البته امکان خطا و به بی راهه رفتن وجود دارد که رعایت تقوا و زهد و اطاعتِ خداوند و رعایت میزان منطقی برای مصون ماندن از اشتباه، ضروری است.