شناخت تنوع ژنتیکی گیاه انگور به تحقیقات به نژادی این گیاه کمک می نماید. هدف از این مطاالعه بررسی تنوع ژنتیکی 25 رقم مختلف انگور با استفاده از داده های مورفولوژیکی، نشانگرهای رتروترانسپوزونی remap و irap و همچنین نشانگر issr بود. به منظور انجام این تحقیق، نمونه-برداری و ارزیابی صفات مورفولوژیکی در تابستان سال 1391 از مرکز تحقیقات شهرستان شاهرود و باغات شهر سی سخت انجام شد. در این مطالعه، 14 صفت مورفولوژیک مربوط به شکل برگ، خوشه و حبه مورد ارزیابی قرار گرفتند. در بخش مولکولی از 21 آغازگر رتروترانسپوزونی و issr استفاده شد. براساس میزان تشکیل باند، چندشکلی و نیز تکرار پذیری باندها، از بین 21 آغازگر مورد استفاده، تعداد 15 آغازگر انتخاب شدند. 15 آغازگر مذکور مجموعا 156 باند تولید کردند که 144 باند چندشکلی قابل قبولی نشان دادند. تعداد قطعات تکثیر شده با آغازگرهای مختلف متفاوت بود، بیشترین تعداد قطعه تکثیر شده 16 عدد و مربوط به آغازگرهای 825 و 840 و کمترین آن 6 عدد و مربوط به ترکیب آغازگری vine1fa+ ms3 (remap) و آغازگر 857(issr) بود. تعداد متوسط باندهای پلی مورف برای هر آغازگر 6/9 باند بود. بیشترین مقدار ضریب تنوع شانون و هتروزیگوسیتی مشاهده شده مربوط به آغازگر gret1fa از سری آغازگرهای irap بود که مبین این است که احتمالا نشانگر irap نسبت به دو نشانگر دیگر تنوع بین ارقام مورد مطالعه را بهتر نشان می دهد. تجزیه کلاستر نیز با استفاده از الگوریتم upgma و ماتریس تشابه جاکارد انجام شد. نتایج این پژوهش، مبین وجود تنوع مولکولی و مورفولوژیکی در بین ارقام انگور بوده و بیانگر کارآمدی نشانگرهای رتروترانسپوزونی remap و irap و همچنین نشانگر issr در تعیین تنوع ژنتیکی ارقام انگور مورد مطالعه می باشد.