در این پژوهش، مطالعه ای نظری بر روی پیوندهای هیدروژنی در ساختارهای بلوری سه آمینو اسید متیونین هیدروکلراید، آسپارتیک اسید هیدروکلراید، و هیستیدین هیدروکلراید مونوهیدراته با استفاده از نظریه تابعیت چگالی انجام پذیرفته است. روند اثرات محیطی و همچنین هم افزایی بر روی پیوندهای هیدروژنی با استفاده از پارامترهای حاصل از محاسبات nmr و nqr بررسی شده اند. پیوندهای هیدروژنی اصلی در شبکه بلوری آمینو اسیدهای متیونین هیدروکلراید و آسپارتیک اسید هیدروکلراید از نوع n-h…cl است، حال آنکه پیوندهای هیدروژنی در شبکه بلوری هیستیدین هیدروکلراید تک آبه، n-h…cl، n-h…o و o-h…cl هستند. نتایج بدست آمده به خوبی اثرات محیطی و هم افزایی را نشان می دهند. همچنین پارامترهای ثابت جفت شدگی چهار قطبی هسته و پوشیدگی شیمیایی با استفاده از تابعیتهای b3lyp، cam-b3lyp، m06-2x و m06l محاسبه شده اند. مقایسه نتایج بدست آمده با نتایج تجربی نشان می دهد که تابعیت m06l نسبت به سه تابعیت دیگر، نتایجی با صحت بالاتر و قابل اعتمادتری را حاصل می کند. بعلاوه به منظور مطالعه عمیق تر پدیده انتقال بار و اثرات هم افزایی روش اوربیتالهای پیوند طبیعی به کار بسته شده است.