کلزا از جمله گیاهان دانه روغنی است که به علت دارا بودن صفات مثبت زراعی نظیر مقاومت به سرما، مقاومت به کم آبی، تحمل شوری، ارزش تناوبی بالا، کنترل علف های هرز، دارا بودن ژنوتیپ های بهاره و پاییزه ، عملکرد مناسب و کیفیت روغن نسبت به سایر دانه های روغنی مورد کشت در کشور برتری دارد. به طور کلی دست یابی به تنوع ژنتیکی در گیاهان زراعی به منظور حفاظت از منابع ژنتیکی، توسعه ی زمینه ی ژنتیکی و کاربرد در برنامه های اصلاحی بسیار ضروری است. در این میان خویشاوندان وحشی براسیکا نیز دارای صفات زراعی مطلوب و مفید از قبیل نر عقیمی سیتوپلاسمی و هسته ای، مقاومت به بیماری ها و حشرات و نماتدها، مقاوم به تنش-های سرما، شوری و خشکی می باشد که می توانند در برنامه های اصلاحی مفید واقع شوند. این پژوهش با هدف بررسی تنوع ژنتیکی بین و درون برخی از گونه های جنس براسیکا با بهره گیری از روش های کلاسیک و مولکولی انجام گردید. در مطالعه ی اول به بررسی تنوع ژنتیکی بین 36 ژنوتیپ از 6 گونه ی جنس براسیکا از طریق ویژگی های مورفولوژیک و بهره گیری از روش های چند متغییره آماری پرداخته شد. نتایج حاکی از تنوع بسیار بالا در ژرم پلاسم مورد مطالعه بود. تجزیه خوشه ای توانست گونه ها را تا حدود زیادی از همدیگر جدا کند. در آزمایش دوم با استفاده از 23 آغازگر issr به بررسی تنوع ژنتیکی 56 نمونه از 10 گونه ی جنس براسیکا پرداخته شد. این آغازگرها در مجموع 186باند چند شکل تولید نمودند. نتایج نشان داد که تنوع زیادی بین اکسشن های مورد مطالعه وجود داشت، با این وجود تنوع بین ژنوتیپ های زراعی گونه ی b. napus از گونه های وحشی کمتر بود. نتایج تجزیه خوشه ای توانست گونه ها را به خوبی از همدیگر جدا کند. نتایج حاصل از تجزیه به مولفه های اصلی نیز گروه بندی ژنوتیپ ها را تایید کرد. نتایج تجزیه واریانس مولکولی (amova) بین گونه ها نشان داد که 46/35 درصد از تنوع مربوط به بین گونه ها و بقیه تنوع مربوط به درون گونه ها بود. نتایج این تحقیق حاکی از همبستگی پایین (05/0 درصدی) بین نمودار خوشه ای حاصل از داده های مورفولوژیک با داده های نشانگرissr بود. با این وجود استفاده از نشانگر issr در مقایسه با داده های مورفولوژی بهتر توانست قرابت ژنتیکی بین ژنوتیپ ها و گونه های مورد بررسی را تعیین کند که حاکی از کارایی این نشانگر در تمایز بین ژنوتیپ های جنس براسیکا است.