تنش های محیطی بویژه تنش سرما نقش مهمی در کاهش رشد در مراحل رشدی گیاه بویژه در مرحله گیاهچه داشته است. با استفاده از qtl می توان مکان های از ژنوم را که مقاوم به تنش سرما هستند، شناسایی کرد. به منظور تعیین جایگاه های کنترل مقاومت به سرما و صفات وابسته به آن در برنج از جامعه تلاقی برگشتی نسل bc2f6 استفاده گردید. به این منظور طی یک آزمایش 142 لاین تلاقی برگشتی به همراه والدین آن ها (هاشمی و ir22) و 4 رقم (s2، s28، s32، s35) به عنوان شاهد در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی در 3 تکرار و دو سطح تنش شامل شاهد (دمای 25 درجه سانتی گراد) و تنش (دمای 13 درجه به مدت 14 روز) ارزیابی گردید. نتایج ارزیابی فنوتیپی در محیط بدون تنش و تنش و تجزیه مرکب نشان داد که میانگین مربعات ژنوتیپ ها برای کلیه صفات معنی دار بود. به نظر می رسد که در میان صفات، محتوی آب برگ کمترین حساسیت و وزن خشک ساقه بیشترین حساسیت را به تنش داشت. ضرایب تنوع ژنتیکی برای صفات مورد مطالعه حاکی از وجود تنوع بیشتر برای طول ریشه در محیط بدون تنش و وزن خشک ریشه به ساقه در محیط تنش بود. از اهداف دیگر این تحقیق شناسایی برخی مکان های ژنی کنترل کننده ویژگی های مرتبط با تحمل به سرما بود. در این پژوهش بررسی qtl ها با استفاده از نرم افزار های winqtlcart و qtlnetwork 2.0 انجام گردید. و از نقشه ی لینکاژی استفاد شد که در آن 61 جفت آغازگر ریزماهواره، 12 کروموزم برنج را پوشش دادند. با استفاده از روش مکان یابی فاصله ی مرکب qtlهای برای برخی صفات مورد مطالعه روی تمام کروموزوم های برنج به جز کروموزوم های 2 و 11 شناسایی شد. در محیط تنش دو qtl برای صفت ارتفاع گیاهچه روی کروموزوم های 3 و 6، یک qtl برای ارتفاع ریشه روی کروموزوم 4، سه qtl برای صفت وزن تر ساقه روی کروموزوم های 8 و 7 (2 مورد)، سه qtl بر روی کروموزوم های 5 و 7 (2 مورد) برای صفت وزن خشک ساقه، یک qtl برای صفت وزن خشک ریشه روی کروموزوم 6، دو qtl برای صفت نسبت طول ریشه به ساقه روی کروموزوم های 6 و 4، چهار qtl برروی کروموزوم های 2، 7 (2 مورد) و 6 برای وزن خشک ریشه به ساقه و سه qtl برای محتوی آب برگ روی کروموزوم های 1، 3 و 7 مکان یابی شدند. و در محیط شاهد یک qtl روی کروموزوم 4 برای صفت ارتفاع گیاهچه، دو qtl روی کروموزوم های 7 و 8 برای طول ریشه، دو qtl روی کروموزوم6 برای صفت وزن خشک ریشه، یک qtl برای صفت وزن تر ریشه روی کروموزوم 6، سه qtl برای صفت طول ریشه به ساقه روی کروموزوم های 1،2 و 4، سه qtl برای صفت وزن خشک ریشه به ساقه روی کروموزوم های 4، 6 و 7 و دو qtl برای محتوی آب برگ مکان یابی شد. نتایج بررسی هم زمان دو محیط، سه qtl روی کروموزوم های 4 ،6 و 7 برای طول ساقه، سه qtl روی کروموزوم های 6 (2 مورد) و 7 برای صفت طول ریشه، دو qtl روی کروموزوم های 4 و 6 برای صفت وزن تر ساقه، سه qtl برای صفت طول ریشه به ساقه روی کروموزوم های 1، 4، 6، یک qtl برای صفت وزن خشک ریشه به ساقه روی کروموزوم 7 و سه qtl برای صفت محتوی آب برگ روی کروموزوم های 1 ،7 و 9 مکان یابی شد. qtl های شناسایی شده برای شاخص ها، دو qtl برای شاخص تحمل طول ساقه روی کروموزوم های 4 و 6، یک qtl برای شاخص تحمل طول ریشه روی کروموزوم 6، دو qtl برای شاخص حساسیت وزن خشک ساقه روی کروموزوم 6، سه qtl برای شاخص حساسیت وزن خشک ریشه روی کروموزوم های 6 (2 مورد) و 7، سه qtl برای وزن خشک کل روی کروموزم های 4 و 6 (2 مورد)، سه qtl برای شاخص تحمل فرناندز بر روی کروموزوم های 1، 10 و 12 و دو qtl بر روی کروموزوم 6 مکان یابی شد. نتایج نقشه یابی به روش mcmc حاکی از وجود اثر اپیستازی برای صفت ارتفاع گیاهچه بین مکان های ژنی کروموزوم های 2 و 7، اثر اپیستازی برای صفت وزن تر ساقه بین کروموزوم های 2 و 7، اثر اپیستازی بین کروموزوم های 2 و7 برای وزن خشک ساقه، اثر اپیستازی برای صفت طول ریشه به ساقه بین کروموزوم های 3 و 6 و اثر اپیستازی برای صفت محتوی آب برگ بین کروموزوم های 5 و 8 بود.