زردآلو (prunus armeniaca l.) از جایگاه خاصی در صنعت میوه کاری ایران برخوردار است. در این پژوهش چهار رقم و دو ژنوتیپ ایرانی زردآلو با استفاده از صفات مورفولوژیک و پومولوژیک مورد ارزیابی قرار گرفتند و همچنین به منظور تعیین خودناسازگاری از روش های تلاقی های کنترل شده در باغ و آزمایشات مولکولی به کمک آغازگرهای ویژه، استفاده شد، بعلاوه صفات طول مادگی، قطر تخمدان و درصد جوانه زنی دانه گرده در ژنوتیپ های مورد مطالعه ارزیابی شد. با توجه به نتایج حاصل، تنوع زیادی در بین ارقام مورد مطالعه از نظر صفات نسبت مواد جامد محلول (tss) به اسید قابل تیتراسیون ta))، وزن خشک گوشت، نسبت وزن گوشت به وزن هسته و میزان tss وta و درصد تشکیل میوه مشاهده شد. بر اساس نتایج همبستگی، اسید قابل تیتراسیون ta)) همبستگی معنی دار منفی با وزن خشک گوشت و نسبت tss به ta نشان داد. همچنین مقایسه میانگین صفات نشان داد که بیشترین مقدار وزن و حجم میوه مربوط به رقم دانشکده بوده و رقم شاهرودی دارای بیشترین مقدار tss و سفتی بافت می-باشد. در بین ژنوتیپ ها و ارقام مورد مطالعه رقم شکرپاره در مقایسه با ارقام مود نظر دارای بیشترین وزن خشک و نسبت وزن گوشت به وزن هسته بود. همچنین در تجزیه فاکتور که برای تعیین تعداد مولفه های اصلی موثر در شناسایی ظاهری استفاده شد، صفات موثر در دو فاکتور قرار گرفتند که مجموعا 2/90 درصد از تغییرات کل توجیه کردند و با توجه به نمودار تجزیه به مولفه های اصلی، ارقام شاهرودی، شکرپاره و دانشکده نزدیک یکدیگر و در یک گروه قرار گرفتند، اما رقم بادامی، ژنوتیپ c و ژنوتیپ d به صورت تک تک و جدا از هم قرار گرفتند. نتایج درصد چوانه زنی دانه گرده نشان داد که نر عقیمی در ارقام و ژنوتیپ های مورد مطالعه وجود ندارد. همچنین ژنوتیپ c و رقم شاهرودی دارای بیشترین درصد تشکیل میوه، طول مادگی و قطر تخمدان بودند. با توجه به داده های حاصل از گرده افشانی کنترل شده و نتایج آزمایشات مولکولی مشخص شد که، ارقام بادامی، شاهرودی، شکرپاره، دانشکده و ژنوتیپ c خودناسازگار بوده و فقط ژنوتیپ d خودسازگار است و همچنین ارقام بادامی، دانشکده و ژنوتیپ c دگرناسازگار بودند.