برنج به عنوان غذای اصلی برای جمعیت انسانی در سراسر جهان بخصوص خاورمیانه قابل توجه است. این گیاه بعد از گندم رتبه دوم تولید در سراسر جهان را دارا می باشد. بیماری پوسیدگی ریشه ناشی از قارچ fusarium sp. یکی از بیماری های مهم خاکزاد برنج در ایران و جهان است که خسارت زیادی در این گیاه ایجاد می کند. این تحقیق به منظور تعیین تنوع ژنتیکی عامل بیماری زا fusarium sp. در استان ایلام انجام گردید. برای این منظور از پنج منطقه برنج کاری در استان ایلام نمونه برداری صورت گرفت. پس از خالص سازی و شناسایی قارچ گونهf. verticillioides به عنوان گونه غالب معرفی و برای انجام کارهای مولکولی انتخاب شد. بررسی تنوع ژنتیکی جدایه ها با استفاده از نشانگر مولکولی ریزماهواره(ssr) صورت گرفت. در مجموع 26 آلل در بین هم? جمعیتها در اثر پنج جفت آغازگر ماهواره مشخص شد. براساس نتایج تجزیه واریانس مولکولی(amova) تنوع درون جمعیتی بالا(98%) و تنوع بین جمعیتی (2%) بدست آمد. میزان تنوع ژنی 153/0 و ضریب شانون 256/1 محاسبه گردید. براساس فنوگرام بدست آمده برای جمعیت های مناطق مختلف جمعیت های دره شهر و سرابله در دو گروه جدا قرار گرفتند. میزان جریان ژنی(nm) بین جمعیت ها 368/6 بود که نشان دهنده شباهت ژنتیکی بالا بین جمعیت های مورد بررسی در این تحقیق است. داده های بدست آمده از این مطالعه تشابه ژنتیکی بالایی را در قارچ f. verticillioides نشان می دهد. دانش تنوع ژنتیکی در قارچ f. verticillioides سطوح مختلفی از اطلاعات را برای مدیریت ژرم پلاسم فراهم می کند. نتایج بدست آمده از این مطالعه در اصلاح ارقام مقاوم کاربرد دارد.