دیفنسین ها گروهی از پروتئین های کاتیونی ضدمیکروبی هستند که در سیستم ایمنی ذاتی پستانداران فعالیت دارند. از این رو، ژن های کدکننده این پروتئین ها می توانند به عنوان نشانگر ژنتیکی برای مقاومت به بیماری در گاوهای شیری در نظر گرفته شوند. هدف از این پژوهش، بررسی ارتباط تنوع ژنتیکی ناحیه پیش بر و اینترون ژن بتا4-دیفنسین، با صفات تولیدی شیر (تولید شیر و محتوای پروتئین و چربی) و نمره سلول های بدنی در گاوهای هلشتاین ایران بود. از این رو دو قطعه تکثیر شده از ژن بتا4-دیفنسین گاوی با تکنیک چندشکلی فرم فضایی رشته های منفرد (sscp) غربالگری شد و تعیین توالی dna صورت گرفت. تعیین ژنوتیپ 200 راس گاو هلشتاین ایرانی، 11 الگوی باندی (a، b، c، d، e، f، g، h، i،jو k) و 5 الگوی باندی (a، b، c، d وe) مجزا به ترتیب برای ناحیه پیش بر و اینترون نشان داد. تجزیه و تحلیل تعیین توالی ناحیه اینترون، 3 عدد چندشکلی تک-نوکلئوتیدی در جایگاه های 2239+، 2312+ و 2323+ آشکار کرد. ارتباط ژنوتیپ با فنوتیپ برای صفات میانگین تولید شیر روزانه، درصد چربی، درصد پروتئین و نمره سلول های بدنی بررسی شد. آنالیز آماری نشان داد که ژنوتیپ های متفاوت ناحیه اینترون ارتباط معنی داری با درصد پروتئین، درصد چربی و نمره سلول های بدنی نداشت ولی تمایل به ارتباط با میانگین تولید شیر روزانه داشت. همچنین تجزیه و تحلیل آماری نشان داد که هاپلوتیپ های متفاوت ناحیه پیش بر ارتباط معنی داری با تولید شیر، درصد چربی و نمره سلول های بدنی داشت اما ارتباط معنی داری بین الگوهای sscp و درصد پروتئین وجود نداشت. علاوه بر این، هاپلوتیپ ترکیبی دیفنسین یک ارتباط معنی داری با تولید شیر و نمره سلول های بدنی نشان داد. این ارتباط نشان داد که این ژن ممکن است بتواند به عنوان نشانگر ژنتیکی برای انتخاب به کمک نشانگر در گاو در نظر گرفته شود.