گونه ی ارس به دلیل نیاز رویشگاهی اندک، امکان استقرار در مناطق با شیب های تند و خاک کم عمق را دارد. با توجه به نقش حائز اهمیت این توده ها در حفظ آب، خاک و مقابله با فرسایش خاک، حفظ غنای زیستی گونه ها، حفظ و توسعه این توده ها از اهمیت ویژه ای برخوردار است. اطلاع از تنوع ژنتیکی در بین جمعیت های یک گونه بهترین راهکار را جهت حفظ تنوع جمعیت ها ارائه می کند. این تحقیق با هدف مقایسه پلی مورفیسم نشانگرهای آنزیمی پراکسیداز و استراز در دو اندام شاخه و فلس، بررسی تاثیر جهت دامنه بر تنوع ژنتیکی و تنوع مورفولوژیکی فلس های پایه های نر و ماده ارس و بررسی تاثیر موقعیَت دامنه بر میزان تنوع ژنتیکی پایه های ارس در رویشگاه ارس چهارباغ صورت گرفته شده است. جهت این بررسی نمونه برداری هم زمان از رویش های دو ساله شاخه و فلس انجام گردید. بلافاصله از نمونه ها، عصاره تهیه گردید. اندازه گیری فعالیت کمی پراکسیداز با اسپکتروفتومتر و بررسی کیفی آن با استفاده از روش پلی اکریل آمید ژل الکتروفورز (page) و بررسی مورفولوژیکی با استفاده از بینی کولار صورت گرفت. نتایج نشان داد که در مقایسه اندام فلس با شاخه، اندام فلس تنوع بیشتری را داراست، نتایج نشانگر مورفولوژیک نیز همسو با نشانگر ایزوآنزیمی بوده اما میزان تنوعی که نشانگر ایزوآنزیمی در دو عامل جهت دامنه و جنسیت نشان داد بیشتر از نشانگر مورفولوژیک بود. جهت دامنه شرقی و موقعیت عقب دامنه و پایه های جنس نر دارای تنوع بیشتری بود. کلید واژگان: ارس، تنوع ژنتیکی، مورفولوژیکی، جهت و موقعیت دامنه، نشانگرایزوآنزیمی، چهارباغ.