کریپتوسپوریدیوم انگل تک یاخته ای داخل سلولی و خارج سیتوپلاسمی شاخه آپی کمپلسکا می باشد. آلودگی با این انگل باعث ایجاد یک گاستروآنتریت حاد و خود محدود شونده در افراد سالم (از نظر دستگاه ایمنی) و یک عفونت پایدار و کشنده در افراد با نقص دستگاه ایمنی در سراسر جهان می شود. به دلیل اهمیت و نقش عامل در ایجاد سندروم اسهال در انسان و گاو بالاخص در گروه های سنی پایین و تأثیر تنوع گونه های انگل در طراحی استراتژیهای کنترل بیماری لذا این تحقیق جهت تعیین نوع گونه های کریپتوسپوریدیوم در گاوهای شیری با استفاده از روش pcr-rflp انجام گردید. در این بررسی در طی سالهای 1388-1390 تعداد 800 نمونه مدفوع از گاوهای سالم واسهالی دامداری های شهرستان مشهد جمع آوری شده و با استفاده از روش رنگ آمیزی ذیل نیلسون سرد مورد بررسی قرار گرفت. نتایج بررسی های میکروسکوپی نشان داد که از تعداد کل نمونه ها تعداد 23 نمونه (87/2 درصد) آلوده به انگل هستند. در نهایت بر روی dna استخراج شده از نمونه های مثبت آزمایش pcr-rflp انجام گردید. با توجه به الگوی pcr-rflp ژن 18s rrna در اثر هضم آنزیمی با آنزیمهای برش دهنده sspi و ddel و vspi، نتایج pcr-rflp نشان داد که کلیه نمونه های مثبت مورد آزمایش، کریپتوسپوریدیوم آندرسونی بودند. می توان نتیجه گرفت که در شهرستان مشهد ژنوتیپ کریپتوسپوریدیوم اندرسونی گونه غالب بوده و سبب آلودگی در دامها می گردد. همچنین با بررسی نتایج بدست آمده تفاوت معنی داری بین گروه گاوهای اسهالی و سالم و گروه های سنی (کمتر از 6 ماه، بین 18-6 ماه و بیشتر از 18 ماه) وجود نداشت.