این مطالعه به منظور مقایسه تفاوت های ریختی شناسی و مولکولی سیاه ماهی capoeta capoeta در رودخانه سفیدرود که سد منجیل و سد تاریک در آن احداث گردیده، طراحی شد. در مجموع 97 ماهی که 40 قطعه مربوط به ایستگاه بالادست سد منجیل و 24 قطعه مربوط به ایستگاه پایین دست سد منجیل و 33 قطعه مربوط به ایستگاه پایین دست سد تاریک بود، توسط الکتروشوکر صید گردید. توالی ژن سیتوکروم bو اندازه گیری های ریختی به منظور بررسی فرضیه جدایی جمعیت ماهیان مورد استفاده قرار گرفت. 36 صفت ریختی و 12 صفت شمارشی اندازه گیری شد و از آنالیزهای تجزیه به مولفه های اصلی (pca)، تابع متمایز کننده (dfa) و کلاستر برای بررسی داده ها استفاده گردید. تجزیه و تحلیل واریانس تک متغیره نشان داد که 35 صفت از 36 صفت ریختی، اختلاف معنی داری داشتند. نتایج dfa نشان داد که جمعیت سیاه ماهیان در بالادست و پایین دست سد منجیل و سد تاریک، در صفات ریختی %8/98 و صفات شمارشی %7/96 از یکدیگر متمایز شدند. pca نشان داد که سه ایستگاه در صفات ریختی و شمارشی در 3 فاکتور از یکدیگر متمایز شدند. رسم دندروگرامupgma نشان داد که جمعیت های متفاوتی از سیاه ماهی در بالادست و پایین دست سدها وجود دارد. به منظور انجام مطالعات مولکولی، استخراج dna به روش فنول کلروفوم از باله سینه ای ماهی ها انجام گرفت و کیفیت dna روی ژل آگاروز بررسی شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از یک جفت پرایمر ژن سیتوکروم b در دمای الحاق 50 درجه سانتی گراد انجام شد. درخت فیلوژنی بر اساس روش های neighbor-joining وmaximum likelihood با استفاده از نرم افزار mega5ترسیم گردید. نتایج حاصل از این مطالعه نشان داد که ساختار سد در رودخانه سفیدرود به طور موثری می تواند جمعیت های متفاوتی از c. capoeta را از لحاظ ریختی در بالا و پایین دست سد ایجاد کند ولی از لحاظ مولکولی سیاه ماهیان هر سه ایستگاه، همگی متعلق به گونه ی c. capoeta بودند.