برنج به عنوان دومین غله مهم دنیا سهم عمده ای در تغذیه انسان دارد. از طرفی تنش خشکی یک عامل محدود کننده بزرگ در تولید این محصول است. با توجه به افزایش روز افزون جمعیت و نیاز به افزایش تولید برنج ایجاب می‏کند که با استفاده از منابع ژنتیکی برنج جهت ایجاد ارقام نسبتاً متحمل به خشکی اقدام کرد. به منظور مطالعه نشانگرهای ریزماهواره اطلاع رسان در خصوص تحمل به خشکی در ژنوتیپ های هوازی برنج، 13رقم از ژنوتیپ های مختلف برنج هوازی و 2 رقم برنج محلی بوتو و دمسیاه، به صورت اسپلیت پلات در قالب طرح بلوک های کامل تصادفی با سه تکرار در شرایط آبیاری غرقابی و آبیاری تناوبی در زمین های زراعی حاشیه شهرستان نیکشهر ارزیابی شدند. نتایج حاصل از تجزیه مرکب صفات مورد مطالعه اختلاف بسیار معنی داری را بین ژنوتیپ ها نشان داد. در نهایت با توجه به نتایج عملکرد بدست آمده از محیط های مختلف ژنوتیپ بوتو به عنوان برترین ژنوتیپ در شرایط مورد مطالعه تعیین شد. در ادامه بررسی، 15 ژنوتیپ متحمل و حساس جهت بررسی تنوع هاپلوتایپی براساس qtl های بزرگ اثر شناسائی شده مورد مطالعه قرار گرفتند. با استفاده از نتایج بدست آمده از بررسی ارتباط نشانگرهای ssr با صفات فنوتیپی مشاهده گردیدکه در هر ناحیه، ارتباط تفرق نشانگرها با صفات مختلفی معنی دار گردیدند، همچنین این نتیجه حاصل شد که در هر ناحیه می توان از نشانگری که بیشترین رابطه با صفات برای آن معنی دار شدند، در برنامه های انتخاب به کمک نشانگر، جهت بهبود تعداد بیشتری از صفات بهره گرفت. بدین منظور نشانگر rm16392 واقع بر روی کروموزوم 4 را به دلیل داشتن ارتباط معنی دار با بیشتر صفات اندازه گیری شده می توان به عنوان نشانگر مناسب جهت شناسایی مکان های ژنی کنترل کننده تحمل به تنش خشکی و انتخاب به کمک نشانگر معرفی نمود. وجود چنین رابطه های معنی دار، در ناحیه مورد نظر با صفات بیانگر این است که این ناحیه کروموزومی در ژنوتیپ های هوازی دارای بیشترین احتمال حضور ژن های مرتبط با تنش خشکی می باشند. نتایج ارزیابی هاپلوتیپی نشان داد که ژنوتیپ های مورد مطالعه، بر اساس qtl های واقع بر روی کروموزوم های شماره 2و 3 در گروه های هاپلوتیپی جداگانه قرار گرفتند. بدین منظور بر اساس مقایسه ترکیب آللی در متحمل ترین افراد جمعیت و حضور یا عدم حضور آلل نشانگرهای خاص در این افراد می توان به اهمیت بخش های مختلف نواحی qtl پی برد. نشانگر rm13010 و آلل های 240 و bp250 برای ناحیه 82/37 تا 81/39 سانتی مورگان کروموزوم 2 و نشانگر rm15995 و ترکیب آللی 215، 96، 268 و bp146 برای ناحیه 104 تا 113 سانتی مورگان کروموزوم 3 بعنوان بهترین نشانگرهای مرتبط با تحمل به خشکی و آلل های سودمند این نواحی کرموزومی گزارش گردیدند.