در این تحقیق مساله جریان کارگاهی انعطاف پذیر با عملیات مونتاژ بررسی شده و مدل سازی ریاضی آن انجام و چند الگوریتم حل برای حالات مختلف مساله ارائه می شود. در این سیستم که یک سیستم تولید دومرحله ای می باشد، هر محصول برای تکمیل نیازمند یک مجموعه از قطعات می باشد. ابتدا قطعات در یک جریان کارگاهی انعطاف پذیر پردازش شده و در مرحله دوم، عملیات مونتاژ قطعات و تکمیل محصولات صورت می گیرد. محدودیت های مساله شامل ماشین آلات و تقدم و تاخر برای پردازش قطعات و مونتاژ محصولات می باشد. تعداد مراحل جریان کارگاهی انعطاف پذیر و تعداد ماشین های موازی در هر مرحله از آن آزاد می باشد. ماشین های هر مرحله ثابت نبوده و هر قطعه می تواند توسط هرکدام از ماشین ها پردازش شود. از مهمترین فرضیات آن است که ظرفیت ماشین های موجود در هر مرحله یکسان می باشد. همچنین عملیات مونتاژ یک محصول زمانی شروع می شود که تمام قطعات آن پردازش شده و آماده مونتاژ باشد. در زمانبندی محصولات چنانچه محصول a قبل از b باشد، تمامی قطعات محصول a نیز می بایست قبل از تمامی قطعات محصول b پردازش شود. در این تحقیق، مدل سازی ریاضی مساله در حالت یک هدفه با تابع هدف c_max انجام و برای حل مساله با تولید انواع محصولات بدون درنظر گرفتن زمان های آماده سازی، چند الگوریتم پیشنهادی مبتنی بر قانون جانسون ارائه می شود. همچنین در حالت تولید انبوه یک محصول و با درنظر گرفتن زمان های آماده سازی، یک مدل حل سه مرحله ای مبتنی بر الگوریتم های فراابتکاری ga و sa و روش های neh و جانسون ارائه و یک روش حل دقیق مبتنی بر الگوریتم b&b نیز پیشنهاد می شود. برای همه شرایط، چندین حد پائین (lb) برای جواب مسائل طراحی و توسعه داده می شود و در ارزیابی عملکرد الگوریتم های پیشنهادی مورد استفاده قرار می گیرد. برای حالت چند هدفه با توابع c_max و d (مجموع انحراف از تحویل محصولات) نیز ابتدا مدل سازی ریاضی مساله انجام و یک الگوریتم پیشنهادی مبتنی الگوریتم ژنتیک چند هدفه ارائه می شود. نتایج الگوریتم پیشنهادی با دو الگوریتم معروف nsga-ii و spea-ii و همچنین روش ?-constraint مقایسه می شود.