یکی از رویکردهای تفسیری مورد توجه مفسران در فهم قرآن، تفسیر عرفانی است که معانی باطنی آیات قرآن را عرضه می کند. تکیه بر تاویل و رمزی انگاشتنِ قرآن، مهم ترین ویژگی تفاسیر عرفانی است. صوفیه و عرفا با تکیه بر کشف و شهود و معرفت خاص خود، با روشی متمایز از مفسران دیگر، به تفسیر قرآن پرداخته اند. ابن عربی و ملاصدرا هر دو به تأویل در تمامی آیات قرآنی- البته تأویل ممدوح و صحیح، که ابن عربی ترجیح می دهد آن را اشاره بنامد- که تنها اولوا الالباب و راسخون در علم شایستگان به انجام آن هستند، اعتقاد دارند. اینگونه استنباط می شودکه تاثیر ملاصدرا از ابن عربی در نگاه تأویلی او به جهان، مشهود است. اما تنها به این روش شناسی تأویلی قناعت نمی کند، بلکه بیشتر ترجیح می دهد که نگاهی فلسفی به جهان داشته باشد و روش شهودی- عقلی را به عنوان مکمل یا معیار تشخیص درستی استنباط به کار برد؛ اما از نمادپردازی های بیش از حد حذر می کند. در این میان با توجه به وجوه اشترکی که در تأویل ابن عربی و ملاصدرا از برخی آیات قرآن مشاهده می شود، وجوه اختلاف و افتراقاتی هم وجود داردکه از تفکر شیعی ملاصدرا نشأت می گیرد. البته ابن عربی نیز در مهم ترین باورها و آموزه های خود به طور تردید ناپذیری از سرچشمه های جوشان تشیع آب معرفت نوشیده است؛ گر چه ذهن نیرومند و تخیل غنی او این تاثرها را در پشت ساختمانهای عظیم تأویلات سحر آمیزش پنهان می کند.