در نگاهی تحلیلی به تاریخ سیاسی ایران رابطه دین و سیاست همواره موضوعی مهم تلقی می‏گردد. با حاکمیت مغولان بر ایران و با توجه به خواستگاه فکری آنان و تحولات مذهبی این عصر، این رابطه دچار فراز و نشیب‏هایی شد. اگرچه آنان سرانجام مسلمان شدند، اما نوع تعامل مغولان با نهادهای دینی و نمایندگان آن، تفاوت هایی با سایر دوره های تاریخ ایران داشت. در عهد حکومت تیموریان با حاکمیت اندیشه سیاسی، نسبتاً متأثر است تفکر یاسایی، از یک سو و تفکر اسلامی – ایرانی از سوی دیگر، رابطه حکومت و نهاد دینی کماکان موضوعی قابل تأمل و تعمق باقی ماند. درباره این رابطه در عصر تیمور و شاهرخ مطالب قابل توجهی در قالب مباحثی چون سیاست دینی آنها، نگاشته شده است. با این حال درباره دوره حد فاصل مرگ شاهرخ تا جلوس سلطان حسین بایقرا(850- 873ق) تا کنون پژوهش مستقلی انجام نشده است. بر این اساس پایان‏نامه حاضر در پی پرداختن به موضوع رابطه حکومت و نهاد دینی در این عصر است. نتایج حاضر از این پژوهش نشان دهنده نفوذ و قدرت علما و شیوخ صوفی و نیز رابطه و تعامل دوسویه حکومت و این گروه است. هر چند که همیشه تلاش داشتند فاصله را با حکومت، برای حفظ قداست خود، رعایت کنند. علل متعدد از هر دو سو چون تثبیت و تقویت مشروعیت، اعتقاد قلبی، و منافع اقتصادی و سیاسی، دو گروه را به هم نزدیک می کرد و در عین حال این تعامل پیامدهایی در این دوره به دنبال داشت.