عناوین جرایم علیه امنیت حکومت اسلامی بسیارند اما در این پژوهش که خاصتاً جرایم تهدیدکننده ی موجودیت حکومت اسلامی مورد پژوهش قرار گرفته است، به مبتلابه ترین این جرایم یعنی بغی، محاربه و جاسوسی پرداخته شده است. در فصل آخر نیز به مبانی جرم انگاری این جرایم پرداخته ایم. جرم بغی که طبق تعاریف مشهور فقها عبارت است از: قیام مسلحانه علیه حکومت اسلامی، هم دارای مستند قرآنی است و هم مستندات روایی، که البته تحقق بغی نیازمند شرایطی است که در متن پژوهش به آن پرداخته شده است. مبحث مهم در باب جرم بغی این است که آیا این جرم مختص زمان حضور امام معصوم است یا در زمان غیبت نیز محقق می شود؟ که با ذکر ادله مطرح شد که این جرم در زمان غیبت امام معصوم و ولایت فقاهت نیز قابلیت تحقق دارد. در فصل دوم پژوهش به بررسی جرم محاربه و مستندات و مصادیق آن پرداخته شده و ذکر گردیده است که جرم محاربه با توجه به مستندات قرآنی و روایی آن در نگاه اول جرمی است علیه امنیت و آسایش عمومی حکومت اسلامی و ارتباطی با تهدید موجودیت حاکمیت اسلامی ندارد اما در صورتی که قصد مرتکبین این جرم، تضعیف حاکمیت مرکزی اسلامی و در نتیجه برچیده شدن آن باشد، جرم محاربه نیز جزء جرایم تهدیدکننده موجودیت حکومت اسلامی قرار می گیرد. در قانون مجازات اسلامی جرایم کودتا و سوء قصد به جان سران قوا و مراجع عظام تقلید از مصادیق جرم محاربه بیان شده است که با ذکر دلایل فقهی گفته شده است که این دو جرم باید تحت عنوان جرم بغی قرار بگیرد نه جرم محاربه. در فصل سوم تحقیق، مباحث مرتبط با جرم جاسوسی مطرح شده و گفته شده است که جاسوسی عبارت است از: جمع آوری و تملک اطلاعات و تعلیمات اسناد قابل استفاده یک کشور خارجی بر ضد امنیت کشور خارجی دیگر، که طبق این تعریف جرم جاسوسی یکی از مصادیق خیانت به کشور بوده و حرام می باشد. و نهایتاً در فصل چهارم به جرم انگاری کلی جرایم علیه امنیت حکومت اسلامی پرداخته شده و بیان شده که اصولاً چرا تهدید امنیت و موجودیت حکومت اسلامی جرم است. از آنجا که طبق آیات صریح قرآن، حکومت از آن خدا است و حق حکومت ابتدائاً برای خداست و هموست که این اختیار حاکمیت خود را به دیگران تفویض می نماید، بعد از نزول آخرین دین آسمانی، خداوند این حق خود را به پیامبر اکرم (ص) و پس از آن حضرت به اولی الامر که همان ائمه معصومین (علیهم السلام) هستند، تفویض فرمودند و حضرات معصومین (ع) نیز در روایات متعدد این وظیفه مهم را در زمان غیبت بر عهده فقهای عالم و عادل هر زمان قرار داده اند. بر این اساس در هر زمانی که عادلترین و عالمترین فقیه آن زمان عهده دار حکومت اسلامی گشت، حکومت اسلامی او حکومتی الهی بوده و حاکمیت او دارای مشروعیت الهی و آسمانی می-گردد. فلذا هر گونه تلاش برای از بین بردن حکومت حق الهی، اقدام برای روی کار آوردن حکومت طاغوت تلقی شده و حرام می باشد و اقدامات انجام شده برای مقابله با حکومت حق اسلامی نیز طبق فقه اسلام جرم و دارای مجازات است. یعنی هرکس که علیه امنیت حکومت اسلامی اقدام نماید، تحت یکی از عناوین مجرمانه قابل مجازات است.

دفینه با توجه به مکانی که در آن پنهان شده، احکام متفاوتی دارد، که در نهایت، یا متعلق به یابنده است یا متعلق به حکومت. از نظر فقهی تعلق آن به حکومت را می توان از طریق الحاق آن به انفال توجیه کرد. و از نظر قانونی نیز قرار گرفتن آن در شمار اموالی که مالک بخصوصی ندارد قابل توجیه است، زیرا قانون مدنی در بیان اموالی که مالک خاص ندارند سه دسته از اموال را احصاء نموده که عبارتند از مشترکات، مباحات و مجهول المالک. در تعلق مشترکات به عموم، حرفی نیست و در قرار گرفتن دفینه در زمره ی مباحات لااقل از جانب قانون مدنی نیز بحثی نخواهد بود.