اطلاعات مربوط به مقدار تنوع ژنتیکی در ژرم پلاسم و ارتباطات ژنتیکی بین ژنوتیپ ها برای بررسی و طراحی برنامه های به نژادی مهم می باشد و می تواند برای کمک به شناسایی و توسعه ژرم پلاسم به کار رود و موجودیت ارقام را تعریف کند. بنابراین جهت مدیریت و کاربرد موثر منابع ژرم پلاسم، درک کامل دامنه و ساختار تنوع ژنتیکی جمعیت موردنظر ضروری است. با توجه به اهمیت شناسایی و گروه بندی ژرم پلاسم ها، در این تحقیق، تنوع ژنتیکی 48 ژنوتیپ از توتون تیپ های گرمخانه ای، بارلی و شرقی از طریق 12 نشانگر مولکولی issr، 10 نشانگر ssr و 5 نشانگر irap بررسی شد. آغازگرهای ubc825، rtr-10 و آغازگر ترکیبی ubc817+ ubc826 با تعداد 17 باند و بعد از آن، آغازگر ubc817 با تعداد 16 باند و rtr-8 با 15 باند، بیشترین تعداد باند و آغازگر ubc824 با 10 و ubc823 با تعداد 11 باند، کمترین تعداد باند را در بین آغازگرهای issr و irap داشتند. همچنین آغازگرهای pt30044 و pt30046 در بین آغازگرهای ssr، با 2 باند، کمترین تعداد باند را داشتند. درصد چندشکلی بدست آمده در ارقام از 92/76 درصد برای rtr-1 و rtr-7 تا 11/94 درصد برای rtr-10 در آغازگرهای issr و irap متغییر بود و درصد چندشکلی در آغازگرهای ssr، 100 درصد بدست آمد. میانگین درصد چندشکلی به دست آمده در این تحقیق 7/90 درصد، تنوع ژنتیکی ژنوتیپ ها را توجیه می کند. محتوای اطلاعات چندشکل (pic) در این تحقیق بین 31/0 تا 5/0 و میانگین آن 42/0 بود. میانگین تنوع ژنی نی و شاخص شانون نیز به ترتیب 39/0 و 58/0 بدست آمد. تجزیه خوشه ای به روش upgma و با استفاده از معیار تشابه تطابق ساده، 48 ژنوتیپ مورد بررسی را در پنج گروه قرار داد. صحت گروهبندی حاصل از تجزیه خوشه ای توسط تجزیه تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر با 5/87 درصد تأیید شد. تجزیه به بردارهای اصلی نیز نشان داد که بردارهای اصلی اول و دوم با 1/6 و 94/4 درصد و 14 بردار اول در مجموع 49/51 درصد از تنوع کل را توجیه کردند.