عملکرد مولکول rna اغلب وابسته به ساختار فضایی آن است. از این رو مسئله طراحی رشته نوکلئوتیدی یک rna که به ساختار خاصی تا بخورد برای زیست شناسان، پزشکان و داروسازان حائز اهمیت است. این مسئله به مسئله معکوس تاشدگی معروف بوده و بدین صورت تعریف می شود که برای یک ساختار دوم rna داده شده،هدف پیدا کردن دنباله نوکلئوتیدی است که ساختار دوم آن (با حداقل انرژی آزاد) مشابه با ساختار داده شده باشد. رویکردی که ما برای حل این مسئله در پیش گرفته ایم بدین صورت است که ابتدا مولفه های تشکیل دهنده ساختار دوم هدف را بدست می آوریم و برای هر کدام از این مولفه ها رشته نوکلئوتیدی بهینه را با استفاده از یک الگوریتم مکاشفه ای محاسبه می کنیم. سپس رشته های نوکلئوتیدی این عناصر را با هم ادغام می کنیم تا رشته نوکلئوتیدی متناظر با ساختار هدف بدست بیاید. مزیت این رویکرد نسبت به رویکردهای موجود در این است که استفاده از این گونه الگوریتم ها را با طول نوکلئوتیدی زیاد، به حداقل رسانده است.

یکی از امید بخش ترین روش های درمان سرطان، القاء آپوپتوز در سلول های سرطانی است. به همین منظور، چندین آنتی بادی آگونیست علیه گیرنده مرگ 5 (dr5) تولید شده است، که تحت ارزیابی بالینی قرار دارند. اساسا، با فعال شدن dr5 در سلول های سرطانی القاء آپوپتوز در مسیرهای داخلی و خارجی آغاز می گردد. این گیرنده در بخش خارج سلولی خود دارای چندین دومن عملکردی است، که در بین آنها دومن های غنی از سیستئین (crds) آن نقش کلیدی در القاء آپوپتوز با واسطه ی اتصال به trail دارند. اخیرا مشخص شده است، اتصال آنتی بادهای منوکلونال آگونیست به دومن دیگری از ناحیه ی -n ترمینال dr5 نیز می تواند آپوپتوز را القا کنند. دومن های متغییر مشتق شده از زنجیره ی سنگین آنتی بادی های شتری به نام vhhها یا نانوبادی ها، کوچکترین قطعات مقاوم و کارآمدی هستند، که قادرند به آنتی ژن ها متصل شوند. ویژگی های منحصر به فرد vhhها ، باعث شده است که آنها کاندیداهای مناسبی برای تشخیص و درمان محسوب شوند. در این تحقیق با استفاده از تکنیک نمایش فاژی و ایمن کردن شتر با آنتی ژن های پروتئین نوترکیب dr5و پپتید حاوی بخش اپی توپی (1itqqdlapqqra12)، کتابخانه ژنی حاوی vhhهای شتری ساخته شد. با غربالگری این کتابخانه فاژِی، در طی مراحل غنی سازی موفق به جداسازی سه متصل شونده با تمایل بالا به اپی توپ پپتیدی واقع در ناحیهntr گیرنده dr5و پنج متصل شونده دیگر با تمایل بالا به تمامی بخش خارج سلولی dr5شدیم. با استفاده از مطالعات تئوریک داکینگ محل اتصال این نانوبادی های تولید شده روی گیرنده dr5پیش بینی شد. هم چنین جهت بهبود ویژگی های اتصالی vhhهای به دست آمده جهش های مناسب با هدف افزایش بلوغ میل پیوندی برای هر نانوبادی طراحی شد. بررسی فعالیت بیولوژیکی دو مونوفاژ که از لحاظ نتایج مونوفاژالایزا و نتایج داکینگ نسبت به مونوفاژهای دیگر شرایط اتصالی بهتری با dr5 داشته اند، با آزمون های بیولوژیکیmtt و فعالیت کاسپاز 3 مورد بررسی قرار گرفت. کارایی اتصال و عملکرد این مونوفاژها بر روی کشت سلول حاکی از فعالیت مناسب این مونوفاژها در القائ آپوپتوز می باشد. با در نظر گرفتن نقش کلیدی این اپی توپ ها در القاء آپوپتوز، متصل شونده-های انتخاب شده، می توانند کاندیداهای مناسبی برای راه اندازی آپوپتوز در سلول های سرطانی متفاوت باشند.