یکی از ابعاد قرآن که توسط مخالفان اسلام به چالش کشیده شده، بُعد اخلاقی آموزه های قرآن است. آنان ادعا کرده اند برخی از احکام و آموزه های قرآنی در تنافی با اصول و موازین اخلاقی است. مقصود آنها از اخلاق نیز اخلاق سکولار و مبتنی برفهم مشترک عرفی است. شبهات مطرح شده در این تحقیق در سه بخش شبهات اهانت آمیز بودن، تبعیض آمیزبودن و خشونت-آمیز بودن، تقسیم گردیده و ضمن تقریر هر شبهه پاسخ های متعدّدی به آنها داده شده و بعضاً پاسخ ها حدود ده صفحه یا بیشتر را به خود اختصاص داده است. ضمن این که در مواقع لزوم پاسخ هایی که دیگران به شبهه ی مورد نظر داده اند مورد نقد قرار گرفته و در نهایت، پاسخی جامع و قابل قبول ارائه گردیده است. از همین رو سیر پاسخ ها عموماً از ضعیف و قابل نقد به قوی و مورد قبول می باشد. برخی شبهات به تازگی مطرح گردیده و لذا پاسخ های آنها کاملاً نو است و به آن تقریر، در کلام دیگران سابقه نداشته و برخی دیگر از شبهات از دیرزمان مطرح بوده و توسط عالمان و محقّقان پاسخ هایی نیز به آنها داده شده ولی از آن جهت که در آثار شبهه افکنان مجدداً إحیاء و تبلیغ شده، در این رساله به آنها پرداخته شده از آنجا که پاسخ ها با رویکرد اخلاقی و بر اساس مبانی عقلی و عقلایی است حتی در اقناع مخاطب غیرمسلمان نیز موثر است.