هلیکوباکترپیلوری نقش بسیار مهمی در بروز بیماری های گوارشی مانند التهاب مزمن معده، زخم معده، لنفوم malt و سرطان معده دارد. هدف از این مطالعه بررسی احتمال وجود تفاوت در پروفایل های آللی شناخته شده ژن های بیماری زای هلیکوباکترپیلوری در مناطق جغرافیایی مختلف ایران بویژه نواحی با میزان بروز بالا و پایین سرطان معده و بررسی احتمال وجود گرادیان شمال-جنوب در فراوانی آلل های این ژن ها در ایران می باشد. در این مطالعه تعیین ژنوتیپ 138 سویه هلیکوباکترپیلوری از 10 استان مختلف ایران برای ژن های baba2، icea1، icea2 انجام شد و همچنین حضور caga در این سویه ها بررسی شد. فراوانی کلی baba2 6/40%، icea1 8/76%، icea2 9/52% icea1/2 7/29% و caga 9/65% بدست آمد. آنالیز واریانس مولکولی (amova ) برای آلل های icea1 و ژنوتیپ icea1/2 تفاوت معنی داری بین مناطق مختلف نشان داد (05/0p < ). ژنوتیپ icea1/2 به میزان معنی داری در مناطق با خطر بالای ابتلا به سرطان معده (age-standardized rates, asrs > 20/105, max. 51.8/105) شیوع بالاتری نسبت به مناطق کم خطر ابتلا به سرطان معده (asrs < 10/105) داشت (به ترتیب، 41/18 (9/43%)، 36/5 (8/13%)، 004/0 = p). برای بررسی وجود گرادیان شمال-جنوب آزمون منتل انجام گرفت که رابطه ی معنی دار ضعیفی را بین فاصله ی ژنتیکی و فاصله ی جغرافیایی ژنوتیپ های icea1 و icea1/2 نشان داد ( 05/0p < ، به ترتیب 074/0 و 098/0r =). آزمون های آماری ارتباط معنی داری بین این ژنوتیپ ها و پی آمدهای بالینی مشخص نکرد. در این مطالعه برای اولین بار حضور هم زمان آلل های icea1 و icea2 در یک سویه نشان داده شد. ژنوتیپ icea1/2 هلیکوباکترپیلوری با توجه به شیوع بیشتر آن در مناطق با خطر بالا نسبت به مناطق کم خطر ابتلا به سرطان معده، می تواند به عنوان نشانه زیستی (بیومارکر) خطر در میزبان های حامل این سویه ها مطرح شود.