به منظور بررسی تنوع ژنتیکی گیاه گزنه استان مازندران، 32 ژنوتیپ این گیاه از نقاط مختلف استان جمع آوری و از دو نشانگر مولکولی issr و aflp استفاده شده است. تعداد 17 آغازگر issr، 233 باند قابل امتیازدهی را حاصل کرد که حدود 68 درصد باندها چند شکل بودند. میزان متوسط pic و mi برای این نشانگربه ترتیب 23/0 و 57/15 برآورد گردید. نشانگر aflp تعداد 798 باند را حاصل کرد که بیش از 90 درصد باندها چند شکل بودند و مقدار pic و mi به تر تیب 25/0 و 25/22 محاسبه گردید. میزان pc های حاصل از تجزیه به مولفه های اصلی نشان می دهد که سه مولفه اول در نشانگر issr ،47 درصد واریانس کل را توجیه می کند و سه مولفه اول نشانگر aflp 9/36 درصد واریانس کل را توجیه می کند، که نشان دهنده عدم توزیع یکنواخت دو نشانگر در سراسر ژنوم می باشد. تجزیه و تحلیل کلاستر بر مبنای ضریب تشابه جاکارد و الگوریتم upgma نشان داد که تنوع گسترده ای در نمونه های جمع آوری شده وجود دارد به نحوی که متوسط تشابه بر اساس داده های حاصل از نشانگرهای aflp و issr 28/0 و 375/0 بود. تنوع بسیار وسیع مشاهده شده می تواند مرتبط به دلایلی نظیر نحوه تولید مثل گیاه گزنه (دگرگشنی) قدرت تفکیک بالای نشانگرهای بکار رفته در تحقیق و وجود چند زیر گونه این گیاه باشد.