در این مطالعه به منظور ارزیابی تنوع ژنتیکی 45 ژنوتیپ از ژرم پلاسم تیپ های مختلف توتون شامل هواخشک (بارلی)، گرمخانه ای (ویرجینیا) و آفتاب خشک (شرقی) از 12 آغازگر issr و 20 ترکیب آغازگری irap و remap استفاده شد که از بین این آغازگرها، همه ی آغازگرهای issr، 5 آغازگر irap و 9 آغازگر remap قادر به تولید الگوی نواری، با وضوح و چندشکلی بالا بودند. در نشانگر issr از تعداد 170 نواری که تولید شدند، 128 نوار چندشکل بودند. محتوای اطلاعات چندشکل آغازگرها در کل ژنوتیپ های مورد مطالعه، بین 16/0 تا 33/0 و شاخص نشانگر بین 21/1 تا 55/3 در هر آغازگر در نوسان بودند. آغازگرهای ubc813، ubc816، ubc817، ubc873، rtr-2، rtr-8 و rtr-10 دارای مقادیر بالای محتوای اطلاعات چندشکل و شاخص شانون بودند، که نشان دهنده ی کارایی بهتر این آغازگرها در بررسی تنوع ژنتیکی توتون است. همچنین روابط ژنتیکی بین نمونه ها با استفاده از ضریب تطابق ساده محاسبه شد و دندروگرام حاصل با استفاده از روشw-average ، 45 ژنوتیپ مورد مطالعه را در 6 گروه قرار داد که به ترتیب گروه های 1 و 3 ژنوتیپ های هواخشک (بارلی)، گروه 2 ژنوتیپ های گرمخانه ای (ویرجینیا) و گروه های 4، 5 و 6 ژنوتیپ های آفتاب خشک (شرقی) را شامل شدند. همچنین نشانگرهایirap و remap در مجموع 188 مکان را تکثیر کردند که از این تعداد 153 مکان، چندشکل بودند. آغازگر rtr-10 با 22 نوار و rtr-1 با 16 نوار، بیشترین و آغازگر ubc817+rtr1 با 4 نوار، کمترین تعداد مکان های چندشکل را تکثیر کردند. میزان اطلاعات چندشکل نشانگرها بین 16/0 تا 33/0 و شاخص نشانگر از 34/0 تا 25/6 در کل ژنوتیپ های مورد مطالعه متغیر بود. تجزیه خوشه ای به روشupgma ، ژنوتیپ های مورد مطالعه را در پنج گروه قرار داد که گروه اول تیپ هواخشک (بارلی)، گروه دوم تیپ گرمخانه ای (ویرجینیا) و گروه های 3، 4 و 5 ژنوتیپ های آفتاب خشک (شرقی) را شامل شدند. صحت گروه بندی حاصل از تجزیه خوشه ای توسط تابع تشخیص کانونی به روش خطی فیشر 3/73 درصد بود. نتایج تجزیه واریانس مولکولی نشان دادکه تنوع بین تیپ ها برابر 39/32% و درون تیپ ها 61/67% بود. بیشترین تنوع درون تیپ آفتاب خشک (شرقی) مشاهده شد و تیپ های هواخشک (بارلی) و آفتاب خشک (شرقی) با میزان فاصله ی 25/0 حداکثر تفاوت را در بین تیپ-های مورد مطالعه از آن خود کردند. همچنین بالا بودن شاخص fst به دست آمده در این مطالعه حاکی از آن است که تیپ های مورد بررسی به طور کامل از هم جدا بوده و تکامل جداگانه دارند.