بیماری پاخوره که عامل آن gaeumannomyces graminis (sacc.) arx & oliver می باشد، مخرب ترین بیماری ریشه ی غلات در سراسر جهان است. این بیماری از نقاط مختلف ایران از جمله کرمانشاه نیز گزارش شده است. در این تحقیق طی فصل زراعی 89-88 حدود 3426 نمونه ی آلوده که علائم خوشه سفیدی و سر سفیدی نشان می دادند از 307 مزرعه گندم و جو در نقاط مختلف استان کرمانشاه جمع آوری گردید. پس از کشت و جداسازی، قارچ بیمارگر در نمونه های جمع آوری شده از 139 مزرعه گندم و جو شناسایی گردیدند که بیانگر شیوع بیماری پاخوره گندم در حدود نیمی از مزارع بازدید شده می باشد. از بین جدایه های به دست آمده 97 جدایه g. graminis با توزیع جغرافیایی مناسب جهت مطالعات بعدی انتخاب گردید. آزمون بیماری زایی جدایه های مذکور روی گندم و یولاف در شرایط اتاقک رشد مورد ارزیابی قرار گرفت. به استناد نتایج حاصل تمامی جدایه ها روی گندم بیماری زا بوده ولی قادر به ایجاد بیماری در یولاف نبودند، از این رو، همه ی جدایه ها به عنوان واریته ی g. graminis. var. tritici شناخته شدند. به منظور ارزیابی مقاومت ارقام گندم، 63 رقم گندم با مخلوطی از چهار جدایه منتخب g. graminis. var. tritici مایه زنی شده و مقاومت آن ها در شرایط اتاقک رشد مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که بین ارقام مختلف از لحاظ درصد کاهش صفات به علت آلودگی به قارچ مورد مطالعه اختلاف بسیار معنی دار وجود دارد. برای بررسی واکنش ارقام گندم نسبت به عامل بیماری پاخوره در شرایط مزرعه از 20 رقم رایج در استان کرمانشاه استفاده گردید. کاشت ارقام طی سال زراعی 91-90 در پلات هایی به ابعاد طول یک متر و عرض50 سانتی متر صورت گرفت. صفات مختلفی شامل عملکرد دانه، عملکرد بیولوژیکی، وزن هزار دانه، وزن تر ریشه، وزن تر اندام هوایی، وزن تر کل، وزن خشک ریشه، وزن خشک اندام هوایی، وزن خشک کل، درصد آلودگی ریشه، تعداد پنجه در بوته و تعداد دانه درخوشه مورد بررسی قرار گرفت. از آنجایی که سه رقم از رقام مورد ارزیابی به خوشه نرفتند، ارزیابی نهایی برخی صفات برای 17 رقم صورت گرفت. نتایج آزمایش نشان داد که رقم زرین، مرودشت، افلاک، پارسی، dn-11 و دنا متحمل و ارقام شهریار، توس، بهرنگ و سیوند حساس می باشند. در این مطالعه، شاخص های مختلف تنش شامل شاخص حساسیت به تنش ssi، شاخص تحمل تنش sti، شاخص عملکرد yiو میانگین هارمونیک ham محاسبه گردید. بر اساس شاخص های مذکور، ارقام مرودشت، پارسی، dn-11، افلاک و زرین را می توان به عنوان ارقام متحمل معرفی نمود. همچنین ارقام بهرنگ، آذر 2، شهریار و توس به عنوان ارقام حساس شناخته شدند.