نتایج نشان داد که تمامی نمونه های فلفل قرمز مورد بررسی در این مطالعه به گونه های قارچی و باکتریایی آلوده بودند. فلور کپکی نمونه، براساس روشهای مبتنی بر کشت، در محدودهcfu/g 103×4/2 تا cfu/g 106×6/4 شمارش گردید. مطالعات میکروسکوپی کلنی های کپکی نشان داد که 91 در صد از نمونه های فلفل قرمز آلوده به جنس آسپرژیلوس، 58 درصد آلوده به جنس پنی سیلیوم، 33 درصد آلوده به جنس رایزوپوس و33 درصد آلوده به جنس آلترناریا بودند. با استفاده از روش pcr و انجام عمل توالی یابی بر روی dna کلنی های آسپرژیلوس و پنی سیلیوم ایزوله شده از نمونه ها، گونه های aspergillus flavus، aspergillus tubingensis و penicillium chrysogenum شناسایی گردید. نتایج حاصل از انجام کروماتوگرافی tlc نشان داد که در بین سوش های ایزوله شده، 80% از سوش های aspergillus flavus قادر به تولید آفلاتوکسین b1 و 5% از سوش های aspergillus tubingensis قادر به تولید اکراتوکسین a بودند و سایر گونه های آسپرژیلوس و همچنین جنس های پنی سیلیوم، آلترناریا و رایزوپوس توانایی تولید آفلاتوکسین b1 یا اکراتوکسین a را نداشتند. 4/69 و 7/16 درصد از نمونه های فلفل قرمز به ترتیب توسط آفلا توکسین b1 و اکراتوکسین a در سطوح مقادیر 6/15-4/0 میکروگرم بر کیلوگرم و 17/2-74/0 میکروگرم بر کیلوگرم آلوده بودند. بین روش elisa و hplc در تعیین میزان آفلاتوکسین b1 و اکراتوکسین a ، همبستگی خوبی مشاهده گردید ( r2=0/979 و r2=0/947 ). بررسی تاثیر شرایط دمایی و رطوبتی در دوره نگهداری نشان داد که دمای 25 درجه سانتی گراد و رطوبت نسبی 95 درصد، بهترین شرایط برای تولید آفلاتوکسین b1 و اکراتوکسین a می باشد و با کاهش رطوبت نسبی و دمای نگهداری به پایین تر از 75 درصد و 10 درجه سانتی گراد، می توان به جلوگیری از تولید این سموم و آلودگی محصول به آنها در دوره نگهداری کمک کرد. مقایسه نتایج بدست آمده در زمینه تاثیر روشهای مختلف آلودگی زدایی بر میزان مایکوتوکسین ها، ویژگی های فیزیکوشیمیایی و ویژگی های میکروبی نشان می دهد که در روش پرتودهی گاما، علاوه بر اینکه میزان آلودگی میکروبی و میزان آفلاتوکسین b1 و اکراتوکسین a بطور محسوسی در محصول کاهش پیدا می کند، کمترین تاثیر منفی در ویژگیهای فیزیکو شیمیایی محصول مشاهده می گردد.