در برنامه اصلاح گندم نان، کیفیت نانوایی یکی از اولویت های اصلاحی مهم است. کلیه فرآورده های تولید شده از آرد گندم، نیاز به خمیری با کشسانی بالا دارد. بنابراین، تولید ارقام دارای الل هایی از ژن-های رمز کننده گلوتنین با وزن مولکولی پایین که سبب کشسانی خمیر می شوند، ضروری به نظر می-رسد. در مطالعه حاضر، تنوع اللی ژن های رمز کننده گلوتنین با وزن مولکولی پایین در 395 رقم گندم بومی ایران شامل 156 رقم بهاره، 193 رقم پاییزه و 46 رقم با عادت رشدی ناشناخته و ارقام chinese spring و thatcher با استفاده از آغازگرهای اختصاصی گروه ژن های lmw-gs، مورد بررسی قرار گرفت. در مکان های glu-a3، glu-b3 و glu-d3 به ترتیب در مجموع 13، 2 و 10 الل در گندم های بومی ایران تکثیر شد. برای مکان ژنی glu-a3، با استفاده از دوجفت آغازگر glu3a.2 و glu3a.3 به ترتیب ژن های زیر گروه رمز کننده پروتئین هایی با توالی انتهای آمینی mdtscip- و metscip- تکثیر شد. قطعه 700 جفت بازی با 6/46 درصد و قطعه 742 جفت بازی با 2/0 درصد بیشترین و کمترین فراوانی را در این مکان به خود اختصاص دادند. در مکان ژنی glu-b3، با استفاده از جفت آغازگر glu3b.2 طراحی شده براساس ژن های زیر گروه رمز کننده پروتئین هایی با توالی انتهای آمینی metshipg-، دو قطعه 440 و 421 جفت بازی به ترتیب با فراوانی 5/72 و 5/27 درصد تکثیر گردید. جفت آغازگرهای glu3d.2، glu3d.3 و glu3d.4 طراحی شده به ترتیب بر اساس ژن های زیر گروه رمزکننده پروتیئن هایی با توالی انتهای آمینی metsrv-، metcip- و metscip- برای تکثیر مکان glu-d3 استفاده شد. در مجموع 10 الل تکثیر شد و الل 700 جفت بازی با 9/34 درصد و الل 578 جفت بازی با 3/0 درصد بیشترین و کمترین فراوانی را داشتند. میزان اطلاعات چندشکلی از 13/0 تا 76/0 با میانگین 42/0 و تنوع ژنی یا هتروزیگوتی مورد انتظار از 13/0 تا 79/0 با متوسط 45/0 متغیر بود. تجزیه خوشه ای بر اساس داده های مولکولی و با استفاده از الگوریتم neighbor-joining و ضریب فاصله no. of difference، ژنوتیپ های بومی گندم ایران را به سه گروه منتسب کرد.