در این پژوهش، هشت نمونه شیر، ماست و مسکه (کره ی محلی حاصل از شیر گوسفند متداول در منطقه ی جنوب خراسان) به منظور بررسی فلور لاکتیکی، مورد مطالعه قرار گرفتند. محیط کشت های mrs و m17 به ترتیب جهت جداسازی لاکتوباسیلوس ها و کوکسی ها در دو دمای c°30 وc°37، استفاده شد. از 672 جدایه ی بدست آمده، 314 جدایه برای انجام آزمون های بیوشیمیایی انتخاب شدند. جدایه ها به کمک رنگ آمیزی گرم، مورفولوژی کلنی، رشد در دماهای c°10 و c°45، رشد در غلظت نمک 5/6%، رشد در 6/9 =ph و 4/4 =ph، دسته بندی و تا حد جنس شناسایی شدند. جنس های انتروکوکوس(4/29%)، پدیوکوکوس(22%)، ائروکوکوس(6/16%)، استرپتوکوکوس(15%) و لاکتوباسیلوس(14%)، به عنوان فراوان ترین جنس های احتمالی در تمام مراحل تولید شناسایی شدند. در مرحله بعد، با استفاده از آزمون تخمیر قند، جدایه های مورد نظر تا حد گونه و زیر گونه شناسایی شدند. بر طبق نتایج آزمون های تخمیر قند، گونه های غالب پدیوکوکوس پنتوزاسئوس (23%)، انتروکوکوس فاسیوم(21%) و ائروکوکوس ویریدنس(15%) بودند. پس از آن، با استفاده از روش مولکولی مبتنی بر توالی یابی ناحیه 16srrna، نسبت به شناسایی دقیق جدایه-ها اقدام شد. بدین منظور قطعه ای به طول 1470 جفت باز از ناحیه مذکور به کمک پرایمرهای عمومی طی فرایند pcr تکثیر گردید. قطعات تکثیر شده پس از خالص سازی به منظور توالی یابی به شرکت ماکروژن کره ارسال شد. توالی جدایه ها، با استفاده از نرم افزار های bioedit v7.1 وclc main workbench v5.5 اصلاح و بازبینی شدند. سپس با مقایسه توالی های حاصل با توالی های موجود در بانک ژن (ncbi)، گونه و زیرگونه باکتری های مورد مطالعه مورد شناسایی قرار گرفتند. در نهایت بر اساس ماتریس فواصل و تشابهات ژنتیکی، درخت فیلوژنتیکی جدایه ها، با کمک روش neighbor joining ترسیم شد. با توجه به نتایج حاصل از تعیین توالی، از مجموع 79 جدایه شناسایی شده، 15 جدایه متعلق به انتروکوکوس فاسیوم، 11جدایه مربوط به استرپتوکوکوس ترموفیلوس، 9 جدایه متعلق به ائروکوکوس ویریدنس، 4 جدایه متعلق به ائروکوکوس یورینه ایکو، 4 جدایه متعلق به انتروکوکوس ویریدنس، 4 جدایه متعلق به لاکتوباسیلوس دلبروکی زیرگونه ی لاکتیس، 1 جدایه مربوط به لاکتوکوکوس لاکتیس، 3 جدایه مربوط به لئوکونستوک مزنتروئیدز زیرگونه ی مزنتروئیدز، 2 جدایه مربوط به لاکتوباسیلوس فرمنتوم، 1 جدایه متعلق به لاکتوباسیلوس پلانتاروم، 19 جدایه مربوط به استافیلوکوکوس، 2جدایه متعلق به اشرشیاکلی و 1 جدایه متعلق به اسینتوباکتر جیونی بود. با توجه به نتایج فوق، انتروکوکوس، ائروکوکوس و استرپتوکوکوس جنس های غالب باکتری های اسید لاکتیک، در روند تولید مسکه، می باشند.