رازیانه foeniculum vulgare mill.)) از خانواده چتریان ( umbelliferae= apiaceae)، گیاهی چند ساله و از قدیمی ترین گیاهان دارویی و ادویه ای ایران است که امروزه از آن در صنایع غذایی، دارویی، آرایشی و بهداشتی استفاده می شود سرزمین اصلی این گیاه نواحی مدیترانه و جنوب اروپا است. این پژوهش به منظور تعیین میزان تنوع ژنتیکی صفات مورفولوژی و مولکولی 18 توده جمع آوری شده رازیانه از مناطق مختلف کشور و 2 توده خارجی (اروپایی) به عنوان شاهد در قالب طرح آزمایشی بلوک های کامل تصادفی در سه تکرار به مدت دو سال زراعی( 1391-1390 ) در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه صنعتی اصفهان مورد ارزیابی قرار گرفت. در ابتدا تجزیه مرکب برآورد شد و سپس تجزیه های آماری برای هر سال جداگانه محاسبه شد. نتایج تجزیه واریانس داده ها در هر دو سال مورد بررسی بیانگر تنوع گسترده برای اکثر صفات مورد مطالعه بود. توده اصفهان ii در سال زراعی اول با 39 گرم و توده تبریز در سال زراعی دوم با 42 گرم بیشترین میزان عملکرد دانه در بوته را داشتند. مقدار وراثت پذیری عمومی صفات مورد بررسی در هر دو سال متوسط تا زیاد برآورد شد. تجزیه مرکب داده ها نشان دادکه اثر متقابل ژنوتیپ در محیط برای تمام صفات به جز صفات وزن هزار دانه و عرض دانه معنی دار بود. بررسی ضرایب هم بستگی صفات در سال زراعی اول نشان داد که صفات روز تا 50% گل دهی، روز تا 50% رسیدگی، روز تا 90% رسیدگی و تعداد چتر بارور و در سال زراعی دوم صفات تعداد چتر بارور، قطر گل آذین و وزن هزار دانه با عملکرد دانه در بوته دارای هم بستگی بالا و معنی داری بودند. نتایج رگرسیون مرحله ای در سال زراعی اول و دوم نشان داد که به ترتیب صفات ارتفاع و تعداد چتر بارور بیشترین نقش را در توجیه تغییرات عملکرد دانه در بوته ایفا کردند. نتایج تجزیه مسیر نیز تأکید بر نقش مهم آثار مستقیم این صفات در عملکرد دانه در بوته داشت. نتایج تجزیه به عامل ها و تجزیه خوشه ای تنوع و گوناگونی بالا را در هر یک از سال های مورد بررسی در بین توده های مورد آزمایش تأیید کردند. از آنجایی که صفات مورد بررسی کمی بودند و محیط هم تأثیر قابل ملاحظه ای بر روی آن ها داشت، وجود اختلاف در تجزیه های آماری در بین دو سال مورد بررسی دور از انتظار نبود. هشت آغازگر issr استفاده شده در مجموع 64 باند dna در نمونه ها تکثیر کردند که از این تعداد 62 باند (97 درصد) ،چند شکل بودند. دندروگرام حاصل از تجزیه خوشه ای بر اساس ضریب تشابه تطابق ساده (sm) و الگوریتم میانگین فاصله upgma، 20 جمعیت مورد بررسی را در 4 گروه طبقه بندی کرد. با توجه به محدودیت تعداد آغازگرهای مورد استفاده در این طرح تنوع مولکولی اکثر توده ها منطبق بر تنوع جغرافیایی آن ها نبود. نتایج تجزیه به مولفه های اصلی تعدیل شده با نمودار خوشه ای تقریباً مشابه بود. نتایج تجزیه واریانس مولکولی(amova)، نشان داد که اکثر واریانس ژنتیکی بین گروه های جغرافیایی در جمعیت ها وجود دارد. ضریب هم بستگی کوفنتیک بین ماتریس های تشابه بر مبنای صفات مورفولوژی و داده های مولکولی برای هر دو سال مورد بررسی عدم وجود شباهت معنی داری را نشان داد. به طور کلی نتایج این پژوهش نشان داد که تنوع ژنتیکی قابل توجهی از نظر صفات مهم زراعی و مولکولی در بین توده های مورد بررسی وجود دارد در نتیجه بسته به هدف برنامه های اصلاحی، جمعیت مورد مطالعه زمینه ژنتیکی مناسبی را جهت انتخاب ژنوتیپ های برتر فراهم می کند.