"معرفت نفس" از نظر علامه طباطبائی نزدیک ترین و بلکه یگانه طریق رسیدن به معرفت حقیقی و کمال مطلق است. وی معرفت حضوری و شهودی نفس را معرفتی حقیقی می داند و معتقد است معرفت حصولی انسان را به حقیقت نمی رساند. از نظر ایشان انسان برای نزدیک شدن و رسیدن به کمال حقیقی باید با کسب معرفت حضوری نسبت به نفس خویش که لازمه آن عدم توجه به غیر خدا و توجه محض و مطلق نسبت به خداوند است، از عالم ماده رهایی یابد و پس از گذر از عالم مثال و عالم عقل یعنی مراتب عالم که البته شناخت آنها برای شناخت مراتب نفس لازم است، در ذات حق تعالی فانی گردد. اگرچه گذر از این عوالم و رسیدن به اسرار و حقایق عالم باطن برای همگان میسر است لیکن علاوه بر انبیاء و اولیاء، تنها افرادی به این مرحله نائل می شوند که پس از شناخت و آگاهی پیدا نمودن نسبت به نفس شان و درک رابطه خویش با پروردگار جهان که همانا فقر و نیاز محض به آن کمال مطلق است ، تقوای الهی بر گزینند و پیوسته به محاسبه اعمال خویش بپردازند تا دچار غفلت و بی توجهی نسبت به هدف خویش نگردند. البته ایشان معتقدند که معرفت نفس باعث شناخت پروردگار می گردد یعنی در همان زمان که انسان نسبت به نفس خویش آگاهی می یابد در واقع به خداوند عالم می گردد چرا که او مخلوق خداوند است، و همین شناخت باعث درک رابطه اش با خداوند می گردد.