در این پژوهش باکتری های انتروکوکوس ایزوله شده از شیر گوسفند، دلمه، پنیر خام و پنیر رسیده لیقوان مورد بررسی قرار گرفتند. از بین باکتری های جدا شده، باکتری های مشکوک به انتروکوکوس به لحاظ ویژگی های فنوتیپی و خواص بیوشیمیایی ( رشد در 2، 4، 5/6 درصد نمک کلرور سدیم و درجات مختلف دما و ph) مورد بررسی قرار گرفتند. با استفاده از پرایمر های universal 46 جدایه از میان جدایه های انتخاب شده (بر اساس خواص بیوشیمیایی) به عنوان سویه های جنس انتروکوکوس تایید شدند. سپس با استفاده از پرایمرهای اختصاصی گونه های فاسیوم و فکالیس مورد شناسایی قرار گرفتند. پس از شناسایی انتروکوکوس ها مقاومت به ده نوع آنتی بیوتیک متداول در بین جدایه ها (پنی سیلین، آمپی سیلین، کانامایسین، استرپتومایسین، تتراسایکلین، اریترومایسین، جنتامایسین، ونکومایسین، کلرامفنیکل، سیپروفلوکساسین) بررسی و باکتری های حساس و مقاوم مشخص گردیدند. همچنین دارا بودن شاخص های بیماریزایی متعدد از جمله خواص ژلاتینازی و همولیتیکی توسط از روشهای مبتنی بر کشت و فاکتورهای asa1, van a, van b, ace, cpd, esp و gele نیز با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز مورد بررسی قرار گرفت. نتایج نشان داد که انتروکوکوس های ایزوله شده از مراحل مختلف تولید پنیر لیقوان نسبت به آنتی بیوتیک های کلینیکی اختصاصی (ونکومایسین و آمپی سیلین) حساس می باشند. سویه های انتروکوکوس فکالیس حاوی چندین شاخص بیماریزایی بودند درحالی که اکثر سویه های انتروکوکوس فاسیوم تنها دارای دو شاخص cpd و ace بودند.

هدف از این پژوهش بررسی نقش فرایند حرارتی، سطوح تلقیح انتروباکتریوفاژms2 و درصد چربی شیر بر بقای انتروباکتریوفاژ male-specific coliphages))ms2 به عنوان شاخص ویروس¬های روده¬ای در شیر خام است. فرایند حرارتی در چهار سطح (ltlt، htst، htlt، حرارت جوش )، درصد چربی در سه سطح ( 5/1% ، 5/2 % ، 3 % درصد چربی) و سطوح تلقیح ms2 در چهار سطح (pfu/ml 107،105،103، 10 ) به عنوان تیمار¬های مورد بررسی انتخاب شدند. با استفاده از روش کشت دولایه میزان کاهش انتروباکتریوفاژ ms2بررسی و داده ها در سه تکرار در قالب فاکتوریل به صورت طرح کاملا تصادقی مورد ارزیابی آماری قرار گرفتند. بر اساس نتایج می توان گفت موثر ترین فرایندهای حرارتی برای نابودی انتروباکتریوفاژ ms2 در نمونه های شیر به ترتیب فرایند htlt سپس حرارت جوش و کمترین اثر را فرایند ltlt دارد، این در حالی است که با افزایش درصد چربی شیر میزان بازیافت انتروباکتریوفاژ ms2 افزایش یافت، به طوری که در سطوح تلقیح بالا (105و 107) افزایش میزان چربی اثر معنی داری بر افزایش میزان بازیافت انتروباکتریوفاژ ms2 داشت(p<0.05).

ترخینه به عنوان غذایی تخمیری بر پایه ی محصولات غله ای-لبنی است، که در بعضی از کشور های دنیا از جمله ایران، ترکیه، مصر، عراق، یونان، مجارستان و فنلاند با نام های متفاوت نظیر ترهانا، کیشک، کوشوک، تلخونا و ... مصرف می گردد. ترخینه دارای ارزش تغذیه ای بالایی است و می توان از آن به عنوان منبع خوبی از پروتئین، ویتامین ها و مواد معدنی، اسیدهای چرب و اسید های آمینه آزاد استفاده کرد. مطابق تعریفی که فدراسیون بین المللی محصولات لبنی (idf) و سازمان جهانی استاندارد (iso) در سال 2008 ارائه نموده است، باکتری های اسید لاکتیک، باکتری هایی گرم مثبت، بدون حرکت، فاقد اسپور و کاتالاز منفی هستند، که قادر به ذوب ژلاتین و تولید اندول نمی باشند. در ارتباط با باکتری های اسید لاکتیک، تخمیر مهمترین روش متابولیسم آن ها است و به شدت ساکارولیتیک هستند، محصول نهایی عمده ی حاصل از مصرف کربوهیدرات، اسید لاکتیک می باشد. با توجه به اینکه کاربرد روش های فنوتیپی در شناسایی باکتری ها بسیار وقت گیر و طولانی است و نتایج حاصل عموما از دقت بالایی برخوردار نمی باشد و نمی تواند به طور کامل و دقیق باکتری ها را در سطح گونه تفکیک نماید، لذا بهتر است از تکنیک های مولکولی استفاده شود. نتایج حاصل از pcr و تعیین توالی نوکلئوتید های ژن 16s rrna، 23s rrna و یا فضای بین این دو بسیار دقیق، مطمئن و قابل اعتماد است. هدف از انجام این پژوهش بررسی ترخینه ی سنتی غرب ایران از نظر فلور باکتری های اسید لاکتیک و سپس بررسی تنوع درون گونه ای سویه های موجود می باشد، در نهایت ایزوله های شناسایی شده در قالب یک بانک بومی میکروبی برای تحقیقات آینده نگهداری خواهند شد. در نمونه برداری، 9 نمونه ترخینه از نقاط مختلف استان کرمانشاه تهیه شد و بعد از رقیق سازی و کشت، به منظور اطمینان از خالص سازی، هر ایزوله 3 بار کشت خطی داده شد. در ادامه رنگ آمیزی گرم و تست کاتالاز انجام پذیرفت و ایزوله هایی که گرم مثبت و کاتالاز منفی بودند، انتخاب شدند. خصوصیات مورفولوژیکی ایزوله ها زیر میکروسکوپ بررسی گردید وکوکسی بودن یا باسیل بودن آن ها تایید گردید و به دنبال آن آزمایش بیوشیمیایی و آزمایش تخمیر قند صورت پذیرفت. بر مبنای تست های بیوشیمیایی و تخمیر قند 75 ایزوله به 10 گروه تقسیم بندی شدند. از هر گروه چند ایزوله انتخاب و ژن ناحیه 16srrna آن ها به کمک پرایمر های عمومی با تکنیک pcr تکثیر داده شد. تنوع باکتری های اسید لاکتیک ترخینه به این صورت بود: لاکتوباسیلوس پلانتاروم (%33/25)، لاکتوباسیلوس فرمنتوم (%66/22)، لاکتوباسیلوس پنتوسوس (%12)، لاکتوباسیلوس برویس (%66/10)، لاکتوباسیلوس دیولیوورانس (%33/1)، انتروکوکوس فاسیوم (%33/9)، انتروکوکوس فکالیس (%33/9)، لویکونوستوک سیتریوم (%33/5)، پدیوکوکوس اسیدی لاکتیسی (%66/2)، پدیوکوکوس پنتوزاسئوس (%33/1). جهت تعیین تنوع درون گونه ای سویه های متعلق به لاکتوباسیلوس پلانتاروم و لاکتوباسیلوس برویس از تکنیک rep-pcr استفاده شد، که نشان دهنده ی تنوع بالای درون-گونه ای این دو گونه داشت.

به علت بروز بیماری های عفونی و گسترش مقاومت های میکروبی، استفاده از ترکیبات ضد میکروبی با منشا گیاهی و یا خالص سازی ترکیبات موثره آن ها می تواند در این زمینه مهم و اثربخش باشد. در این مطالعه میوه سپستان (cordiamyxa l.) برای ارزیابی اثر ضد میکروبی علیه تعدادی از سویه های باکتریایی و قارچی انتخاب شد. عصاره گیری به دو روش خیساندن و با اعمال اولتراسوند تحت تاثیر سه پارامتر مستقل (زمان، دما و شدت صوت) انجام پذیرفت و در هر دو مورد راندمان عصاره گیری و ارزیابی اثر ضد میکروبی با چهار روش انتشار دیسک در آگار، تعیین حداقل غلظت مهار کننده، حداقل غلظت کشندگی و پور پلیت بررسی گردید. نتایج حاصل نشان داد که در اثر ارتعاشات صوتی، دما و زمان، انتقال جرم مواد موثره گیاه در روش اولتراسوند با سرعت بیشتری صورت گرفت که منجر به درصد استحصال بیشتر گردیده است. همچنین اختلاف آماری معنی داری (05/0p ? ) میان اثر ضد میکروبی عصاره های تهیه شده به روش خیساندن و اولتراسوند وجود داشت. عصاره های تهیه شده با هر دو روش اثر ضد میکروبی قابل توجهی علیه دو باکتری bacillus cereusو staphylococcus aureus و سویه قارچی candida albicans را دارا بودند. در بخش دیگری از این مطالعه، رفتار رشد bacillus cereus، تحت تاثیر سه سطح غلظت عصاره اتانولی تهیه شده با اولتراسوند (05/0 %، 5/1 % و 5/2 % وزنی/ حجمی) و دما (15، 25 و 35 درجه سانتی گراد) مورد بررسی قرار گرفت. به منظور مدل سازی رفتار رشد باکتری، داده های آزمایشگاهی با مدل modified gompertz برازش شدند. تناسب برازش ها با محاسبه adjr2 و mse انجام شد. برازش داده ها با معادله مورد نظر از طریق curve fitting نرم افزار matlab صورت گرفت. نتایج آنالیز واریانس حاکی از تاثیر معنی دار کاهش دما بر کاهش سرعت رشد ماکزیمم (µmax ) و افزایش زمان تاخیر(?) باکتری بود، در حالی¬که افزایش غلظت عصاره فقط بر افزایش ? تاثیر معنی دار داشت و در سطح اطمینان 95 درصد بر کاهش µmax باسیلوس سرئوس تاثیرگذار نبود.

امروزه با تحقیقات به عمل آمده مشخص شده است که گیاه سالویا دارای خواص درمانی مهمی است. salvia chorassanica یکی از گونه های با ارزش بومی ایرانی سالویا است که تنها در خراسان رضوی رشد می کند. در این بررسی جهت تعیین مقادیر حداقل غلظت مهارکنندگی و حداقل غلظت کشندگی عصاره های آبی، اتانولی و هیدروالکلی ریشه وعصاره های آبی، اتانولی و هیدروالکلی اندام های هوایی گیاه salvia chorassanica بر staphylococcus aureus، enterococcus faecalis،listeria monocytogenes، bacillus cereus، salmonella typhi، salmonella typhimurium، escherichia coli و escherichia coli o157 از روش میکرودایلوشن به وسیله الایزا و افزودن معرف تری فنیل تترازولیوم کلراید استفاده گردید. همچنین با استفاده از روش انتشار در آگار، اثرضد باکتریایی عصاره های مورد آزمون ارزیابی گردید. نتایج حاصل از روش میکرودایلوشن و انتشار در آگار به کمک دیسک حاکی از آن بود که بیشترین اثر بازدارندگی بر باکتری های مورد بررسی مربوط به عصاره هیدروالکلی ریشه و عصاره های آبی و هیدروالکلی اندام های هوایی salvia chorassanica بود و کمترین اثر بازدارندگی را عصاره آبی ریشه نشان داد. از طرفی باکتری های گرم مثبت در مقایسه با باکتری های گرم منفی حساسیت بیشتری در مقابل عصاره های مختلف salvia chorassanica نشان دادند. همچنین مشخص گردید که قطر هاله عدم رشد دارای ارتباط مستقیم با غلظت عصاره های مورد استفاده داشت، به طوری که با افزایش غلظت عصاره، قطر هاله عدم رشد نیز افزایش یافت به طور کلی می توان گفت اثر نوع عصاره، غلظت و اثر متقابل نوع عصاره و غلظت برای کلیه باکتری های مورد بررسی در این پژوهش به لحاظ آماری معنی دار بوده است (p<0/05). داده های حاصل، به روش آنالیز واریانس یک طرفه (anova) ، با استفاده از نرم افزار spss ver 16 مورد آنالیز آماری قرار گرفتند. همچنین برای مقایسه میانگین ها از روش آزمون چند دامنه ای duncan در سطح احتمال 5 درصد استفاده شد.

هدف از این پژوهش بررسی خواص ضد کپکی 19جدایه لاکتوباسیلوس پلانتاروم از مراحل مختلف تولید پنیر سنتی لیقوان بر مخمر رودوتورولا موسیلوجینوسا (ptcc 5257) و کپک پنیسیلیوم اکسپانسوم (ptcc 89046) با تکیه بر روش های مبتنی بر کشت است. برای این منظور از تکنیک های نقطه گذاری و نفوذ در چاهک استفاده شد. از بین این 19 جدایه، لاکتوباسیلوس پلانتاروم های دارای خاصیت بازدارندگی غربال شدند، با توجه به آنالیز آماری نوع شاخص و دمای اینکوباسیون مورد استفاده در روش نقطه گذاری (25 و 30 درجه سانتی گراد) دارای اختلاف آماری معنی داری در سطح 5% بودند. ولی اثر متقابل نوع جدایه ها و دماهای اینکوباسیون مورد بررسی تفاوت معنی داری در سطح 5% نداشتند. نتایج نشان داد که در روش نقطه گذاری 10 جدایه بر کپک پنیسیلیوم اکسپانسوم و 11 جدایه بر مخمر رودوتورولا موسیلوجینوسا دارای خاصیت ضد قارچی بودند. در حالی که در روش نفوذ در چاهک 6 جدایه بر کپک پنیسیلیوم اکسپانسوم و 8 جدایه بر مخمر رودوتورولا موسیلوجینوسا خاصیت ضد قارچی از خود نشان دادند. سپس آزمون های تکنولوژیکی مختلفی مانند بررسی اثر ph های مختلف (2 تا 7 ) و دماهای (80 درجه سانتی گراد به مدت 1 ساعت ، 100 درجه سانتی گراد به مدت 10 و 30 دقیقه و 121 درجه سانتی گراد به مدت 15 دقیقه (شرایط اتوکلاو)) مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج نشان داد که در ph های 2 و 3 تمامی 19 جدایه خاصیت ضد قارچی از خود نشان دادند در حالی که در7= ph هیچ گونه بازدارندگی مشاهده نگردید. خاصیت ضد قارچی با افزایش دما و یا افزایش زمان حرارت دهی کاهش یافت به طوری که در شرایط اتوکلاو همه جدایه ها خاصیت بازدارندگی خود را از دست داده بودند. جدایه c28 دارای بالاترین مقاومت حرارتی بود. آزمون تیتر مشخص کرد که جدایه c28با فاکتور (au/ml)160دارای بالاترین خاصیت ضد کپکی و ضد مخمری در میان جدایه های دارای اثر بازدارندگی بود. در تغلیظ به کمک خشک کن انجمادی که به منظور بررسی اثر بازدارندگی بر جدایه های که قبلا دارای خاصیت بازدارندگی نبودند انجام گرفت، نتایج نشان داد که جدایه هایlf51 c24 , lf49 , با تغلیظ توسط خشک کن انجمادی دارای افزایش تاثیر چشمگیری بر کپک پنیسیلیوم اکسپانسوم و جدایه های c24 , lf51 به کمک تغلیظ دارای اثر ضد مخمری بر مخمر رودوتورولا موسیلوجینوسا هستند. تمامی جدایه های دارای خاصیت بازدارندگی در برابر آنزیم پروتئیناز k خاصیت بازدارندگی خود را ازدست دادند، که این امر دلالت بر ماهیت پروتئینی این ترکیبات دارد. بررسی خاصیت بازدارندگی جدایه ها با استفاده از اسپکتروفتومتر در طول موج 560 نانومتر ، مشخص نمود که در جدایه های دارای خاصیت بازدارندگی، با گذشت زمان میزان دانسیته نوری یا od در طی زمان های صفر ، 24 ، 48 و 72 ساعت در مقایسه با نمونه شاهد کاهش می یابد ، به طوری که جدایه c28 دارای بیشترین کاهش در بررسی هر دو شاخص مزبور (کپک پنیسیلیوم اکسپانسوم و مخمر رودوتورولا موسیلوجینوسا) بود.

بررسی ژنتیکی فلور میکروبی خمیرترش سبب شناخت اکولوژیکی و خصوصیات کارکردی می گردد و رقابت، تطابق، متابولیسم و پاسخ تنشی میکروارگانیسم ها را تحت تاثیر قرار می دهد. یکی از روش های سنتی در شناسایی فلور میکروبی، آزمون های بیوشیمیایی وتست تخمیر قند می باشد. روش های مستقل از کشت، همچون واکنش زنجیره ای پلیمراز نیز به منظور تعیین تنوّع میکروارگانیسم ها در اکوسیستم های طبیعی و نمایه نمودن آنها جهت بررسی سیر تکامل جمعیت های میکروبی، توسعه یافته اند. با این هدف، شناسایی مولکولی لاکتوباسیل جدا شده از نمونه خمیر ترش محلی تربت جام، خواف، قوچان، مشهد و دو نمونه صنعتی آلمان و بنگلادش با استفاده از روش کشت و روش مولکولی انجام شد. بدین منظور خمیر ترش براساس خصوصیات ارگانولپتیکی (عطر و طعم) جمع آوری گردید و جدایه های میکروبی بر روی محیط کشت های mrs و m17 از آن تکثیر شد. آزمون تخمیر قندها برای شناسایی زیرگونه هر جدایه انجام شد. پس از استخراج dna از خمیر ترش، واکنش زنجیره ای پلی مراز به منظور شناسایی هر گونه و زیرگونه صورت گرفت. نتایج نشان داد که محیط کشت mrs محیط بسیار مناسب تری جهت رشد لاکتوباسیل ها می باشد. آنالیز نتایج آزمون قندها سه زیر گونه لاکتوباسیلوس فرمنتوم، لاکتوباسیلوس پلانتورم و لاکتوباسیلوس سانفرانسیس را مشخص کرد. همچنین نتایج واکنش زنجیره ای پلی مراز با تکثیر قطعه253، 333 و 156 جفت بازی از ژن 16s rna ریبوزومی توسط آغازگرهای اختصاصی آزمون بیوشیمیایی را تایید نمود. نتایج این تحقیق نشان که واکنش زنجیره ای پلیمراز می تواند به خوبی جایگزین آزمون های بیوشیمیایی در شناسایی زیر سویه های موجود در فلور میکروبی خمیر ترش شود.

179 باکتری از 9 نمونه شیر شتر جداسازی و از لحاظ ویژگی های فنوتیپی و مولکولی شناسایی شدند. براساس آنالیز ardra در نواحی 16s rdna و its، جدایه ها به 12 الگوی مختلف گروه بندی شدندکه توسط توالی یابیdna ریبوزومی به عنوان pediococcus pentosaceus, enterococcus lactis, enterococcus hirae, enterococcus faecium bibt_vc, enterococcus faecium ccmmb, enterococcus mundtii, enterococcus durans, lactobacillus fermentum, lactobacillus pentosus, lactobacillus brevis, lactobacillus plantarum وleuconostoc mesenteroides شناسایی شدند. نتایج تایپینگ مولکولی (rep-pcr) نشان داد که 6 سویه مختلف در بین 9 سویه l.plantarum وجود داشت و تنوع ژنتیکی در بین سویه های e. faecium ناحیه گنبد بیش تر از چات بود. نتایج ارزیابی تکنولوژیکی و فعالیت ضدباکتریایی نشان داد کهp. pentosaceus, e. lactis, e. faecium, e. mundtii, l. fermentum, l. brevis و l. plantarum کاندیدهای مناسبی برای فرایند تخمیری شیر شتر و سایر فرایندهای تخمیری لبنی پیشنهاد می شوند.