نام خانوادگی: جاری نام: مریم عنوان: ایجاد باکتری e.coli نوترکیب حاوی ژنهای تولید کننده ی پلی هیدروکسی آلکانوآت pha)). اساتید راهنما: دکتر سعید رضا خاتمی- دکتر حمید گله داری استاد مشاور: دکتر محمد شفیعی درجه تحصیلی: کارشناسی ارشد رشته: ژنتیک دانشکده:علوم محل تحصیل: دانشگاه شهید چمران اهواز تاریخ فارغ التحصیلی: 26/6/91 تعداد صفحات: 91 کلمات کلیدی: پلی هیدروکسی بوتیرات (phb)، ralstonia eutropha h16، ژنهای phbcab. چکیده: پلی هیدروکسی بوتیرات (phb)، دسته ای از پلی هیدروکسی آلکانوآت (pha)، گروهی از پلیمرهای ذخیره ای باکتریایی می باشند که بوسیله ی ارگانیسم های متعددی در پاسخ به محدودیت غذایی تولید می گردند. این پلیمر ها، پلاستیک های زیست تخریب پذیر می باشند که می توانند جایگزین خوبی برای پلاستیک های پتروشیمیایی رایج باشند. ralstonia eutropha h16 یکی از تولیدکنندگان بالقوه ی phb می باشد. اگرچه توانایی تولید و انباشته کردن این پلیمر در r.eutropha به اثبات رسیده است، ولی هزینه ی تولید بسیار بالای آن، بکارگیری pha را بعنوان بیوپلاستیک محدود کرده است. از اینرو تلاش های زیادی برای کاهش هزینه ی تولید از طریق ایجاد باکتری های نوترکیب و استفاده ی منبع کربن ارزان انجام شده است. phb طی 3 مرحله ی آنزیمی شامل یک آنزیم ?-کتوتیولاز (phba)، یک استواستیل coa ردوکتاز (phbb) و یک pha پلیمراز (phbc) سنتز می گردد. در این مطالعه اپرون 3 ژن کد کننده ی آنزیمهای تولید کننده ی phb شامل ژنهای phbcab از ژنوم استخراج شده r.eutropha با استفاده از پرایمرهای دارای جایگاه برش آنزیم محدود کننده bamhi و hindiii تکثیر و به وکتور بیانی pet28a کلون گردید و به e.coli سویه ی dh5? و bl21 ترانسفورم و صحت ترانسفورماسیون با کلونی pcr، هضم آنزیمی پلاسمید استخراج شده و تعیین توالی تأیید شد.

بروز آترواسکلروزیس در شریانهای کرونری را بیماری شریان کرونری (coronery artery disease) می نامند cad .شایعترین بیماری قلبی است که با تجمع غیر طبیعی لیپید ، مواد چربی در جدار عروق مشخص می شود و باعث انسداد ، تنگی رگها و کاهش جریان خون به عضله میوکارد می گردد این تجمع مواد را آتروما یا پلاک می گویند. در کشورمان و دیگر نقاط دنیا سالانه تعداد زیادی ازافراد بدلیل این بیماری و پیامد ناشی از آن سکته قلبی جان خود را از دست می دهند. در مقیاس جهانی، پیش بینی شده که مرگ و میر بر اثر بیماری های قلب و عروق از 1/17 میلیون در سال به 4/23 میلیون در سال افزایش یابد. ژنnos3 می باشد. این ژن مسئول تولید نیتریک اکسید (no) ازl - آرژنین و اکسیژن می باشد. مطالعات انجام شده ? اثرات فیزیولوژیکی و پاتولوژیکی نیتریک اکسید روی سیستم عصبی، ریوی،ایمنی ، ماهیچه قلبی را نشان داده و مشخص شده که no در پروسه های هموستازی و مکانیسم های دفاع میزبان موثر است. تغییر در تولید یا افزایش آن منجر به حالت پاتولوژیکی گشته و باعث کاهش ضخامت انتیمال در آترواسکلروز و در نتیجه منجر به cad می گردید. روش کار: نمونه های خون از بیمارستان های گلستان و امام خمینی شهرستان اهواز جمع آوری شد. و پس از استخراج ژنوم? pcrو rflpانجام شد. نتایج ونتیجه گیری: آزمون مربع کای نشان می دهد که بین پلی مورفیسم g894t و vntr 4a/4b بابیماری cad ارتباط معنا داری مشاهده نشد((p > 0.05 vntr: x2= 059/5, df = 2, p = 08/0 rs1799983: x2= 746/0 , df = 2 , p = 685/0

دیابت نوع 2 رایج ترین ناهنجاری متابولیک است که به وسیله هیپرگلیسمی مزمن شناسایی می شود و بروز آن به شیوه هشدار دهنده ای رو به افزایش می باشد. دیابت شیرین نوع 2 یک بیماری چند عاملی است و ژن های مختلف و فاکتورهای محیطی در بروز آن نقش دارند. روی نقش مهمی در ذخیره و ترشح انسولین بازی می کند. انتقال روی توسط پروتئین های انتقال دهنده روی انجام می گیرد و این پروتئین ها روی را به ماتریکس خارج سلولی و یا وزیکول های درون سلولی وارد می کنند. ژن slc30a8 بر روی کروموزوم 8q24.11 قرار دارد و عضو هشتم از پروتئین های انتقال دهنده روی( znt8 ) را کد می کند. در مطالعه های متعددی مشخص شده که پلی مورفیسم c/t، rs13266634 ژن slc30a8 یک فاکتور خطر در دیابت نوع 2 می باشد. هدف ما از انجام این مطالعه بررسی همراهی بین پلی مورفیسم یاد شده و بیماری دیابت شیرین نوع 2 در جمعیت استان فارس بوده است. همه 306 نمونه که از بیماران سرپایی در درمانگاه مطهری وابسته به دانشگاه علوم پزشکی شیراز بدست آمده بودند توسط تکنیک pcr-rflp برای پلی مورفیسم مورد نظر تعیین ژنوتیپ شدند و نتایج نشان داد که مابین افراد سالم و دیابتی فراوانی های آللی و ژنوتیپی این پلی مورفیسم اختلاف معناداری وجود ندارد. میزان p-value و or برای فراوانی های آللی و ژنوتیپی به ترتیب (p= 0.35 & or= 1.19, 95% ci 0.82-1.7)و ( p= 0.94 & or= 1.7, 95% ci 0.7- 3.9) بوده است.

کلید واژه ها: adpkd,arpkd، ژن pkd1، ژن pkhd1، کلیه پلی کیستیک ، جهش چکیده: بیماری کلیه ی پلی کیستیک (pkd) به دو صورت غالب اتوزوم ( adpkd) و مغلوب اتوزوم ( arpkd) به ارث می رسد و میزان شیوع آن در جهان به ترتیب 1 در1000 و 1 در 40000 تولد زنده است. بیماری pkd بوسیله ی حضور تعداد زیادی کیست در یک یا هردو کلیه تشخیص داده می شود و وجه تمایز دو نوع بیماری بر اساس الگوی توارث، سایر علائم خارج کلیوی و سن بروز متفاوت است. بروز adpkd در بزرگسالی و بروز arpkd در نوزادی و گاهأ پیش از تولد می باشد. تاکنون سه ژن دخیل در adpkd بنام های pkd2,pkd1 و pkd3 و یک ژن دخیل در arpkdبنام pkhd1 شناسایی شده است. در حدود 85% افراد مبتلا به adpkd جهش در ژن pkd1و درحدود 15% موارد جهش در ژن pkd2 در موارد اندکی هم جهش درژن pkd3 مشاهده شده است. جهش در ژن های pkd سبب سنتز پروتئین پلی سیستین ناکارآمد می شوند. جهش در ژن pkhd1 نیز سبب سنتز پروتئین فیبروسیستین/پلی داکتین غیر عملکردی می گردد. در این مطالعه اعضای دو خانواده ی ایرانی مبتلا به pkd مورد بررسی قرار گرفتند. در یک خانواده ژنpkd1 در فرد مبتلا به adpkd و والدین وی بررسی شد و در خانواده ی دیگر ژن pkhd1 در فرد مبتلا به arpkd و والدین وی مورد بررسی قرار گرفت. dna هر 6 فرد به روش salting out استخراج گردید و برای مشخص شدن جهش ها ، ژن های pkd1 و pkhd1 از دو جهت (توسط پرایمر رفت و برگشت) تعیین توالی شد و برای تعیین پاتوژن یا پلی مورفیسم بودن جهش یا جهش های مشکوک ، اگزون های حاوی آن جهش ها درنمونه ی dna استخراج شده از خون 50 فرد نرمال تعیین ترادف گردید. در نتایج حاصل از تعیین ترادف خانواده ی دارای فرد مبتلا به adpkd یک جهش miss sence مشکوک به بیماری زا بودن (بر اساس پیش بینی نرم افزارها) بصورت جایگزینی نوکلئوتید a به جای g در کدون 3057 در اگزون 25 ژن pkd1 مشاهده گردید که سبب تبدیل کدون اسید آمینه ی والین به متیونین می شد. بر طبق نتایج تعیین ترادف اگزون 25 در 50 نمونه ی نرمال، این جهش، یک پلی مورفیسم شایع با نرخ 60% معرفی شد. علاوه بر آن یک جهش گزارش شده ی دیگر و26 جهش جدید نیز در ژن pkd1 مشخص گردید. در نتایج حاصل از تعیین ترادف ژن pkhd1 یک جهش بیماری زای شناخته شده و3 جهش غیر بیماری زای شناخته شده و یک جهش جدید نیز ارائه گردید.

بدن انسان از انواع بسیار زیادی سلول و بافت تشکیل شده است. همه این سلول ها و بافت ها می توانند منشأ سرطان باشند. سرطان های کولون و رکتوم که جزو رایج ترین سرطان ها در دنیا می باشند. بیشتر این افراد به علت متاستازی که تومور قبل از تشخیص و انجام عمل جراحی داده است رنج می برند. بیشترین مرگ و میر ناشی از سرطان کلورکتال به علت متاستاز دادن آن است. درافرادی که مبتلا به سرطان کلورکتال هستند بیشترین اندامی که تحت متاستاز این سرطان قرار می گیرد کبد می باشد. تخمین زده اند که 10 تا 20 درصد افراد در هنگام تشخیص سرطان کلورکتال ،دچار متاستاز به کبد هم هستند و سرعت متاستاز به کبد در افرادی که سرطان کلورکتال پیشرفته دارند به 50 درصد هم میرسد.. همه انواع سلول ها دارای نشانه های مولکولی متمایز و مخصوص به خود می باشند که به عنوان بیومارکر آن سلول ها تعریف می شوند. خصوصیات بیومارکرها نیز همانند عملکرد یا مقادیر آن ها، باید قابل شناسایی و اندازه-گیری باشد. در بعضی از مطالعات، بیومارکرها می توانند به عنوان یک مولکول کلیدی برای شناخت مسیرهای متابولیسمی، پیام رسانی و غیره مورد استفاده قرار گیرند. همچنین بیومارکرها می توانند تعریف مولکولی بیماری را آسان کنند و یا اطلاعات مفیدی در مورد مراحل مختلف بیماری یا تشخیص زودهنگام بیماری و مستعد بودن افراد را به بیماری های مختلف، و نیز پیش بینی واکنش سلولی یک داروی درمانی را فراهم کنند. از جمله بیومارکرهای که در تشخیص مراحل سرطان به صوری وسیعی مورد مطالعه قرار گرغته است آنتی ژن های سرطان/بیضه می باشد. در این مطالعه سطح کیفی بیان 3 آنتی ژن page4، scp-1 و spanxa1 به مظور تشخیص دقیقتر مراحل سرطان مورد بررسی قرار گرفتند. بیان ژن page4 scp-1 با متاستاز سرطان کلورکتال به ارگان کبدو گره های لنفی همراهی معنی داری نشان داند(p<0.05). همچنین فاکتورهای ریسک بالینی از جمله متاستاز به گره های لنفاوی و میزان رشد تومور در ارتباط با متاستاز به کبد بودند. در ان مطالعه با استفاده از فاکتورهای مولوکولی و ریسک بالینی که در ارتباط با متاستاز سرطان کلورکتال به ارگان دورتر بودند و با استفاده از تست آماری رگرسیون، مدلی برای پیش بینی متاستاز کلورکتال با دقت 85% ساخته شد که برای کاربردهای بالینی جهت مدیریت هر چه بهتر بیماری سرطان کلورکتال می تواند مورد استفاده قرار بگیرد.

مقدمه: msیک بیماری التهابی خود ایمن است که باعث تخریب میلین ها و اختلال در سیستم عصبی مرکزی می شود به این ترتیب انتقال پیام های عصبی با مشکل مواجهه میشود و این امر باعث ناتوانی های پیشرونده در بیماران مبتلا به ms میگردد. ms به عنوان یک بیماری مولتی فاکتوریال شناخته شده که از برهم کنش ژن ها و محیط ناشی می شود . ژن هایی که در این بیماری دخالت دارند شامل ژن های غیر وابسته به mhc و وابسته به mhc می شوند .ژن mhc که روی بازوی کوتاه کروموزوم 6 قرار دارد کد کننده ی آنتی ژن لوکوسیت انسانی است (hla) که ثابت شده است در اکثر بیماری های خود ایمنی دخالت دارد.ملکولhla به دو کلاس i وiiتقسیم می شوندهر یک از این دو کلاس هاپلوتایپ هایی را شامل می شوند که همراهی آنها در بیماری ms مورد مطالعه قرار گرفته است . یکی از هاپلوتایپ های hla کلاس i ،a3-hla است که فروانی آن در بیماران مبتلا به ms در خوزستان در این مطالعه سنجیده می شود. روش کار : در این مطالعه که روی 200بیمارانجام شد ،نمونه ها پس از استخراج ژنوم ،با روش pcr-ssp از نظر داشتن hla-a3 مورد بررسی قرارگرفتند . نمونه های دارای a3 دو باند در 215و650 ونمونه های فاقد آن فقط باند کنترل داخلی 215را روی ژل آگارز نشان دادند . بحث و نتیجه گیری : فراوانی hla-a3 در بیماران 45 درصد بود . به همین دلیل 195 نمونه کنترل نیز بررسی شدند و همراهی این hla با بیماران ارتباط معنی دار نشان داد، که این نتیجه با مطالعات انجام شده ی قبلی همراهی داشت. همچنین همراهی hla-a3 با قومیت و جنسیت در جمعیت بیمار و کنترل بررسی شدند.و این هاپلوتایپ با قومیت عرب همراهی نشان داد. بیماران از نظر علائم بالینی بررسی شدند و همراهی hla-a3 با این علائم مورد بررسی قرار گرفت که نتیجه عدم معنی داری این همراهی ها بود .

اسیدوز توبولی کلیوی یک بیماری نادر است. 4 تیپ بالینی rta گزارش شده است. drta اولین rta شناخته شده می باشد. ژن مسبب¬بیماری(¬2p13-atp6v1b1)، کد کننده زیر واحد 1? پروتئین لیزوزومی h+-atpase می باشد. حداقل 15 جهش در نواحی مختلف ژن atp6v1b1 گزارش شده است. بخش قابل توجهی از بیماران دارای پیشرفت به سمت ناشنوایی حسی- عصبی هستند. در rtaتیپ 3 کاهش قابل توجهی در احیای بی کربنات فیلتر شده و ناتوانی در اسیدی شدن حداکثری ادرار با وجود درجات شدید اسیدمی سیستمیک دیده می شود. ژن مسبب بیماری (8q22-caii) کد کننده پروتئین سیتوزولی کربنیک آنهیدراز 2 می باشد. در مطالعه حاضر، آنالیزمولکولی این دو ژن در یک خانواده با فرزند مبتلا به rta و 50 فرد نرمال متعلق به 50 خانواده غیر مرتبط ایرانی به روش pcr بررسی گردیده است. در این مطالعه یک کودک مبتلابه اسیدوز توبولی کلیوی ارزیابی می شود.dna از نمونه خون بیمار، والدین وی و تمامی افراد کنترل به روش دستی salting out استخراج شد. اگزون های ژن atp6v1b1 و caii توسط واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) تکثیر شدند. برای تعیین پلی مورفیسم یا جهش بودن تغییر، اگزون حاوی آن در نمونه استخراج شده از خون 50 فرد نرمال تعیین ترادف گردید. در نتایج حاصل از تعیین ترادف خانواده ی دارای فرد مبتلا به rta یک جهش حذفی مشکوک به بیماری زا بودن به صورت حذف یک نوکلئوتید a در کدون 405 در اگزون 12 ژنatp6v1b1 مشاهده گردید که سبب ایجاد فریم شیفت می شود. بر طبق نتایج تعیین ترادف اگزون 12 در 50 نمونه نرمال، این جهش، یک جهش جدید و بیماری زا معرفی گردید که برای اولین بار در ایران در یک خانواده ایرانی دیده شد.

nestrenconia sp.strain.f یک جنس نمک دوست از خانواده micrococcacae است که ژنوم آن غنی از cg است. توسط نرم افزار rast ژنوم باکتری را بررسی کردیم. این بررسی نشان داد که ژنوم باکتری حاوی ژن endo-1,4-beta-xylanase است. پروتئین های اندو 1و4 بتا زایلاناز ( ec 3.2.1.8) آنزیم های هیدرولاز هستند که پیوند های 1-4 گلیکوزیدیک را در مولکول زایلان از ترکیب همی سلولوز می شکند.مطالعات دینامیک مولکولی مشخص کرد که این آنزیم دارای جایگاه اتصال به سوبسترای زایلان و برخی کوفاکتور های احتمالی است. همچنین مشخص شد که علارغم وجود تفاوت در توالی آمینو اسیدی، این پروتئین قادر است زایلان را به عنوان سوبسترا تشخیص دهد و می تواند عملکرد آنزیمی خود را روی آن اعمال کند.