نمونه برداری بصورت فصلی و درهرفصل یکبار در جزر و یکبار در مد از تابستان ?? تا بهار ?? و در? ایستگاه در رودخانه بهمنشیر برحسب تغییر گرادیان شوری انجام شد. نمونه برداریها به منظور شناسایی فیتو پلانکتون ها با استفاده از تور ?? میکرون انجام شد. در طی نمونه برداری، نمونه های آب جهت سنجش نیترات،فسفات و کلروفیل در ظروف پلاستیکی جمع آوری شده و در یخ نگهداری شدند. فاکتورهای محیطی دما(°c)، اکسیژن محلول(میلی گرم در لیتر)، هدایت الکتریکی و ph توسط دستگاه multiparameter مدل hach ، شوری(psu) توسط رفراکتومتر و کدورت نیز توسط کدورت سنج اندازه گیری شد. دراین مطالعه، 134 گونه فیتوپلانکتون، متعلق به 64 جنس و 45 خانواده از 6 شاخه bacillariophyta، charophyta، chlorophyta ، chromophyta ، cyanophyta و pyrrophyta شناسایی شد. لازم به ذکر است که 5 گونه از گونه های موجود درنمونه نیز بطور کامل شناسایی نشدند. از نظر شوری، گونه های این منطقه به چهارگروه یوری هالین، استنو هالین، لب شور و آب شیرین تقسیم شدند. شاخصهای اکولوژیکی شانون، مارگالف، سیمپسون و هیل و شاخصهای بیولوژیکی ساپروبیک، دیاتومه و تروفیک دیاتومه نیز محاسبه شدند. بیشترین مقدار شاخص مارگالف در پاییز و مد و کمترین آن بهار در جزر، بیشترین تنوع در پاییز در مد و کمترین آن در زمستان در جزر، بیشترین مقدار غالبیت در زمستان در جزر و کمترین آن در پاییز در جزر، بیشترین مقدار شاخص هیل در بهار در جزر و کمترین آن در زمستان در مد محاسبه شد. طبق شاخص ساپروبیک، رودخانه بهمنشیر دارای وضعیت آلفا مزو ساپروبیک می باشد. از نظر شاخص دیاتومه، رودخانه بهمنشیر دارای آلودگی سنگین است و فقط تعداد کمی از گونه های مقاوم به آلودگی در آن حضور دارند. همچنین رودخانه بهمنشیر از نظر وضعیت تروفی در وضعیت خوبیست و عاری از آلودگیهای مهم آلی می باشد.