هدف از این تحقیق شناسایی و بررسی تراکم و پراکنش میکروزئوپلانکتون ها و تعیین کیفیت آب با استفاده از شاخص saprobic و شاخص کیفیت آب((wqi در رودخانه بهمنشیر(خلیج فارس) بود. نمونه برداری در 5 ایستگاه بر حسب تغییر گرادیان شوری، در فصول بهار،تابستان، پاییز و زمستان 1390 انجام گردید. نمونه های زئوپلانکتونی با استفاده از تور پلانکتون 100 میکرون جمع آوری گردیدند. فاکتورهای فیزیکوشیمیایی مانند شوری، اسیدیته، دما و اکسیژن محلول، هدایت التریکی، کدورت، نیترات و فسفات سنجیده شد. در این بررسی 17 گونه از پاروپایان، 13 گونه از گردان تنان، 3 گونه از کلادوسرا، 3 گونه از مژه داران و لارو بی مهرگان (کرم های پرتار، دو کفه ای ها و سخت پوستان) شناسایی گردید. بیشترین میانگین تراکم میکروزئوپلانکتون ها در فصل تابستان (3745) تعداد در متر مکعب و کمترین میزان آن در فصل پاییز (340) تعداد در متر مکعب ثبت شد. نتایج حاصل از همبستگی، فاکتور هدایت الکترکی و شوری را به عنوان مهم ترین فاکتور موثر بر تراکم میکروزئوپلانکتون ها نشان داد. نتایج حاصل از آزمون cca نشان داد فاکتور هدایت الکترکی و شوری بیشترین تأثیر را بر پراکنش میکروزئوپلانکتون ها دارد. میزان شاخص saprobic و wqi به ترتیب 31/2 و 50 ثبت شد.