این پابان نامه در قالب 4 آزمایش انجام شد که در آزمایش اول 31 صفت کمی و کیفی میوه شامل صفات مربوط به میوه (طول، عرض، درصد آب و پوست)، بذر (تعداد بذر، شکل، رنگ، تعداد جنین)، و نیز برخی صفات مربوط به آب میوه از جمله اسیدیته قابل تیتراسیون، محتوای کل مواد جامد محلول، مقدار ویتامین ث در 19 ژنوتیپ لیموی جمع آوری شده از مناطق عمده ی کشت و کار لیمو ها در استان هرمزگان مورد بررسی قرار گرفت. سپس با استفاده از 31 صفت اندازه گیری شده، میزان تنوع ژنتیکی همچنین روابط بین این صفت ها در ژنوتیپ های لیمو (لایم و لمون) بررسی شد. در آزمایش دوم با استفاده از 17 آغازگر مولکولی rapd ژنوتیپ های آزمایش اول ارزیابی شدند. در این آزمایش کاربرد نشانگر مولکولی rapd به خوبی توانست ژنوتیپ های مشخص دو گونه لایم و لمون را از هم جدا کند به طوری که لمون ها ی تجاری ’لیسبون‘، ’اورکا‘ و ’مایر‘ در یک گروه و ’رودان لایم‘ و ’پرشین لایم‘ در گروه دیگر قرار گرفتند. ژنوتیپ m11 که دارای ویژگی های خاص و مجزا از لایم و لمون بود در یک گروه قرار گرفت. سایر ژنوتیپ ها که به نظر می رسد هیبرید های بین گونه ای باشند نیز در دو گروه لایم یا لمون جای گرفتند. در آزمایش بعدی با استفاده از 17 آغازگر انتخاب شده در آزمایش دوم، 41 ژنوتیپ لایم و لمون دارای ویژگی های بارز که از آزمایش اول انتخاب شده بودند مورد بررسی قرار گرفت. همچنین برای تعیین قرابت فیلوژنی آنها با سایر گونه ها، 6 نمونه از سایر گونه های مرکبات از جمله پرتقال، نارنگی، بالنگ، لیمو شیرین و نارنج استفاده شد. در این آزمایش کاربرد نشانگر مولکولی rapd به خوبی توانست نمونه های لایم و لمون و سایر گونه های مرکبات را از هم جدا کند. در تجزیه کلاستر در فاصله 20/0 دو کلاستر اصلی ایجاد شد که یکی از آنها شامل نمونه های پرتقال، نارنگی، نارنج و کلاستر دیگر شامل همه ی نمونه های لایم و لمون به همراه بالنگ، لیموشیرین و نمونه های ناشناخته بود. در این کلاستر نمونه های شناخته شده ی لایم ها و لمون ها از هم تفکیک شدند.در آزمایش چهارم با استفاده از نشانگرهای rapd تنوع و تفاوت ها میان چند نمونه سالم و بیمار متعلق به یک گونه لیمو ترش(مکزیکن لایم)بررسی شد بگونه ای که نمونه سالم و بیماریک گونه از یک باغ جمع آوری شد.که نشانگر rapd بخوبی توانست بین نمونه های سالم و بیمار تفاوت قائل شود. در این بررسی با کاربرد نشانگر های مولکولی rapd به همراه نشانگر های مورفولوژیک اطلاعات مفیدی از تفاوت ژنتیکی ژرم پلاسم های بررسی شده فراهم آمد. همچنین روابط ژنتیکی دو گونه ی لایم و لمون با هم و با سایر گونه های مرکبات مشخص گردید. همچنین نتایج بالا بودن تنوع ژنتیکی در بین نمونه های مورد بررسی را نشان داد.