مطالعات مقایسه ای از توالی های rdna به منظور بررسی روابط فیلوژنی در محدوده وسیعی از سطوح تاکسونومی مورد استفاده قرار می گیرند. نواحی its و فواصل داخل ژنی dna ریبوزومی هسته ای، واحد های تکراری تکامل یافته ثابت می باشند و ممکن است در بین گونه های داخل یک جنس یا در بین افراد یک جمعیت متغیر باشند. مقایسه توالی نواحی its به طور وسیعی در تاکسونومی و فیلوژنی مولکولی به کار برده می شود به دلیل اینکه دارای کپی های زیادی از ژن های rrna و درجه بالایی از تغییر می باشد. به منظور ارزیابی چند شکلی نواحی حد فاصل ژن های s28 و s18 در ژنوم قارچ rhizoctonia solani ag4 ، 28جدایه جداسازی شده از میزبان های مختلف مورد ارزیابی قرار گرفتند. از جدایه ها ng/µl 100-10 dna استخراج و از آن ها به عنوان الگو در واکنش های pcr استفاده شد. در تکثیر نواحی فاصله ساز داخلی بین ژن های ریبوزومی با استفاده از آغازگر های its1 و its4 یک قطعه dna به اندازه 700 جفت باز ردیابی شد. قطعه مذکور با آنزیم های برشیtaq i xba i, hae iii, bam hi, hind iii, sac i, pst i, nde i, xho i, hinc ii, hinf i, eco ri, هضم گردید. آنزیم هایxba i, bam hi, hind iii, sac i, pst i, nde i, xho i فاقد محل برش بودند. جدایه های rhizoctonia solani ag4 هتروژن بوده و its-rflp با استفاده از آنزیم hinc ii تفاوت بین زیر گروه های ag4-hg i و ag4-hg ii را از نظر الگوی برش آنزیمی نشان داد. واژگان کلیدی: تنوع ژنتیکی، نواحی فاصله ساز داخلی(its) ، واکنش زنجیره ای پلی مراز، رایزوکتونیا سولانی گروه آناستوموزی چهار