ساختار ژنتیک جمعیت های ماهی مرکب ببری (sepia pharaonis) در سواحل شمالی خلیج فارس با استفاده از نشانگرهای ملکولی ریزماهواره مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 81 نمونه از بهمن 1389 تا اردیبهشت 1390 از مناطق صیادی بندر بوشهر، بندر لنگه و بندرعباس جمع آوری گردید. قطعه ای از بازوی هر نمونه تا زمان استفاده در آزمایشگاه بیوتکنولوژی دانشگاه علوم وفنون دریایی خرمشهر در اتانول 96 درصد نگهداری گردید.dna ژنومی با روش ctab استخراج و کمیت و کیفیت dna استخراجی با استفاده از روش اسپکتروفتومتر و الکتروفوروز ژل آگاروز 1% تعیین گردید. واکنش زنجیره ای پلی مراز با استفاده از 6 جفت آغازگر ریزماهواره صورت گرفت و محصولات pcr روی ژل پلی آکریل آمید 8% الکتروفوروز و با نیترات نقره رنگ آمیزی گردید. نتایج حاصل نشان داد که 4 جفت از آغازگرهای بررسی شده پلی موررف و 2 جفت مونومورف بودند. میانگین تعداد آلل مشاهده شده و موثر به ترتیب 500/7 و 360/5 و میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار به ترتیب 541/0 و 802/0محاسبه گردید و تمامی جایگاههای ژنی در بررسی تعادل هاردی واینبرگ در خارج از تعادل بودند. بر اساس آزمون amova حداکثر fst 031/0 میان نمونه های بندرعباس و بوشهر با کمترین جریان ژنی772/7 و حداقل fst 020/0 بین نمونه های بندرعباس با لنگه با بیشترین جریان ژنی 965/11 مشاهده گردید. بیشترین فاصله ژنتیکی بر اساس nei (1972) 282/0 و کمترین شباهت ژنتیکی 754/0 میان نمونه های بندرعباس با بوشهر و همچنین کمترین فاصله ژنتیکی 232/0 و بیشترین شباهت ژنتیکی793/0 میان نمونه های لنگه با بندر عباس مشاهده گردید. این نتایج نشان داد که بین بندرعباس-لنگه و بوشهر تمایزهای ژنتیکی معنی داری وجود دارد (001/0 = p) و احتمالاً ماهی مرکب ببری دارای دو جمعیت می باشد. این یافته ها اطلاعات مفیدی را جهت حفاظت و مدیریت این گونه در سواحل شمالی خلیج فارس فراهم می کند.