بیماری لکه قهوه ای ناشی از قارچ bipolaris oryzae یکی از مهم ترین بیماری های بذرزاد برنج ((oryza sativa است که در کلیه مراحل رشد گیاه از خزانه تا مزرعه، محصول را مورد حمله قرار داده و خسارت وارد می کند. با توجه به این که در سال های اخیر استفاده وسیع از مواد شیمیایی در کشاورزی به منظور کنترل بیماری های گیاهی خطرات زیست محیطی زیادی را در پی داشته است یافتن روشی جایگزین جهت مقابله با بیماری ها از جمله این بیماری امری ضروری به نظر می رسد. امروزه پیشرفت های گسترده در علم بیولوژی مولکولی درک بشر را از تعاملات میان گیاه - بیمارگر، ژن های دخیل در مقاومت و مسیرهای علامت دهی منتهی به مقاومت بهبود بخشیده است. این یافته ها می تواند راهکار ژنتیکی مناسب و کارامدی را به منظور افزایش مقاومت گیاهان به بیمارگرها ارائه نماید. در این میان ژن های مقاومت بیشترین توجه را به خود جلب کرده اند که می توان از آن ها در راستای تولید گیاهان تراریخت مقاوم به عوامل تنش زا استفاده کرد. این پژوهش با هدف آنالیز مولکولی دو رقم برنج شمال کشور در تعامل با قارچbipolaris oryae عامل لکه قهوه ای برنج انجام شده است. در این راستا رقم خزر به عنوان ژنوتیپ مقاوم و رقم طارم به عنوان ژنوتیپ حساس انتحاب شدند. در این بررسی الگوی بیان ژن های pr1b،(chitinase) pr3، pr10،defensin ،thionin ،phenylalanineammonia-lyase (ospal) ،proxidase (pox)، npr1 و oxide synthase (aos) allene از جمله مهم ترین ژن های دخیل در مقاومت به بیمارگرها در گیاهان مختلف، مطالعه شدند. گیاهچه های برنج سه هفته ای با سوسپانسیون اسپور قارچ b. oryzae تیمار و نمونه برداری در ساعات مختلف پس از آلودگی (0، 12، 24، 48، 72، 96) انجام شد. rna کل از نمونه های برگی استخراج و پس از ساخت dna مکمل (cdna)، بیان ژن ها با استفاده از روش quantitative real time pcr (qpcr) مورد ارزیابی قرار گرفت. نتایج بدست آمده از این تحقیق نشان داد که نرخ بیان تمامی ژن های مورد بررسی در رقم مقاوم خزر نسبت به رقم حساس طارم پس از مایه زنی به شدت افزایش یافت. در آزمون مقایسه ای t- student testنیز تفاوت معنی داری در بیان هر یک از این ژن ها بین رقم مقاوم و رقم حساس مشاهده شد. نتایج حاکی از نقش فعال ژن های فوق در مقاومت گیاه برنج در تعامل با قارچ b. oryzae است.