اسفرزه و خاکشیر از جمله مهمترین گیاهان دارویی هستند که رشد و عملکرد آنها تحت تاثیر تنش خشکی قرار می گیرد. در این پژوهش تعداد 8 اکوتیپ اسفرزه و 12 اکوتیپ خاکشیر در قالب دو آزمایش فاکتوریل مجزا برای هر گیاه بر پایه ی طرح کاملاَ تصادفی با سه تکرار در گلخانه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه شیراز مورد ارزیابی قرار گرفتند. نتایج مقایسه میانگین ها نشان داد که بین اکوتیپ های اسفرزه و خاکشیر از لحاظ صفات مورفولوژیک و بیوشیمیایی تفاوت معنی دار وجود دارد. بیشترین عملکرد در بوته برای اسفرزه در شرایط نرمال و تنش برای اکوتیپ سبزوار و برای خاکشیر در هر دو شرایط به اکوتیپ خاش تعلق داشت که می تواند بیانگر توانایی این اکوتیپ ها برای تحمل به خشکی باشد. در اسفرزه بیشترین وراثت پذیری صفات به صفات وزن تر، وزن خشک و شاخص برداشت (به ترتیب به مقدار 96/11 ، 96/23 و 91/94 درصد) اختصاص داشت. در بررسی وراثت پذیری صفات خاکشیر، بیشترین وراثت پذیری بین صفات مورد بررسی به صفات شاخص برداشت، وزن موسیلاژ و تعدادغلاف به ترتیب به مقدار (99/2، 98/8 و 0/93 درصد) اختصاص داشت. بر اساس تجزیه خوشه ای مشخص شد که اکوتیپ های فریدون شهر و بوشهر (اسفرزه) دارای بیشترین فاصله لینکاژی و ژنتیکی می باشند. تجزیه خوشه ای نشان داد که اکوتیپ های اقلید و اهواز (خاکشیر) دارای بیشترین فاصله لینکاژی و ژنتیکی می باشند در ضمن اکوتیپ های همدان و خاش با کمترین فاصله مشابه ترین اکوتیپ ها نسبت به یکدیگرند.