مطالعه تنوع ژنتیکی برای اجرای برنامه‏های به‏نژادی گیاه گلرنگ کاربردی می‏باشد. هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع ژنتیکی با استفاده از داده‏های مورفولوژیکی و نشانگر ssr بود. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی، مطالعه روابط بین صفات و گروه‏بندی ژنوتیپ‏ها، آزمایشی در قالب طرح بلوک‏های کامل تصادفی در 3 تکرار و با استفاده از 20 ژنوتیپ گلرنگ(6 ژنوتیپ تهیه شده از ایران و 14 ژنوتیپ خارجی) انجام شد. صفات مورفولوژیک مورد ارزیابی شامل تعداد روز تا شروع گلدهی، تعداد روز تا 50 درصد گلدهی، تعداد روز تا رسیدگی، ارتفاع بوته، تعداد طبق در بوته، تعداد دانه در طبق، قطر طبق اصلی، وزن هزار دانه، عملکرد تک بوته، رنگ گل موقع شکوفایی، پاپوس‏دار بودن بذر و شکل بذر بود. تجزیه واریانس داده‏ها تفاوت معنی‏داری(01/0?p) را برای کلیه صفات مورفولوژیک نشان داد. مقایسه میانگین‏ها به روش دانکن برای صفات مورفولوژیک مورد مطالعه حاکی از برتری ژنوتیپ شوروی-1 از نظر اکثر صفات به خصوص عملکرد تک بوته بود. همچنین نتایج حاصل از جداول ضرایب همبستگی، نتایج رگرسیون مرحله‏ای و تجزیه‏ی ضرایب مسیر نشان داد که چهار صفت وزن هزار دانه، قطر طبق اصلی، تعداد طبق در بوته و ارتفاع بوته به ترتیب از اهمیت نسبی بیشتری در تعیین عملکرد دانه در گلرنگ برخوردار بودند. بنابراین در برنامه های اصلاحی گلرنگ و با هدف افزایش عملکرد دانه بهتر است به این صفات توجه بیشتری مبذول گردد. نتایج حاصل از تجزیه خوشه‏ای بر اساس صفات مورفولوژی ژنوتیپ‏ها را در سه گروه قرار داد و نتایج آزمون اف بیل(f beele,s) نشان داد که تفاوت بین گروه‏های تعیین شده به جز سه صفت روز تا رسیدگی، ارتفاع بوته و تعداد طبق در بوته برای سایر صفات معنی‏دار بودند و بنابراین گروه‏بندی‏ها به طرز درستی برگزیده شده‏اند. در بخش مولکولی آزمایش بر اساس بررسی‏های قبلی 10 جفت آغازگر ریزماهواره‏ای 23-20 نوکلئوتیدی از سری آغازگرهای vl و ct استفاده شد. یکی از این آغازگرها نوارهای واضح و قابل نمره دهی ایجاد نکرد. متوسط محتوی اطلاعات چند شکلی برای آغازگرهای مورد ارزیابی 33/0 بود و میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده و مورد انتظار برای تمامی آغازگرها به ترتیب 21/0 و 53/0 محاسبه شد. تجزیه خوشه‏ای بر اساس داده‏های مولکول با استفاده از ضریب تشابه جاکارد و روش upgma ژنوتیپ‏های گلرنگ را در نه گروه اصلی قرار داد. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی و همچنین بررسی فواصل جغرافیایی و دوری و نزدیکی ژنوتیپ‏های مورد مطالعه نشان داد که به طور کلی فواصل جغرافیایی دلیلی بر دوری و نزدیکی ژنتیکی افراد نمی‏باشد. نتایج این پژوهش مبین وجود تنوع مولکولی و مورفولوژیکی در بین ژنوتیپ‏های گلرنگ و همچنین بیانگر کارآمدی نشانگر ssrدر تعیین تنوع ژنتیکی ژنوتیپ‏های مورد مطالعه بود.