بیماری قارچی لکه موجی از مهم ترین بیماری های سیب زمینی در استان های همدان، اردبیل، فارس و اصفهان است. برای شناسایی عامل بیماری از 7 منطقه ی مهم سیب زمینی کاری هر استان از بافت های بیمار نمونه برداری گردید و پس از جداسازی، خالص سازی و مطالعه ی خصوصیات ریخت شناسی، 28 جدایه قارچ a. alternata به دست آمد. میزان رشد پرگنه ی این 28 جدایه روی محیط های سیب زمینی/ دکستروز/آگار (pda) و بلغور ذرت/ آگار (cma)، در دماهای 20، 25 و 30 درجه سانتی گراد و در اسیدیته های 5، 6 ، 7 و 8 مورد آزمایش قرار گرفتند که میزان رشد پرگنه ی قارچ روی محیط pda در دمای 25 درجه و اسیدیته ی 6 بیشتر بود. آزمون بیماری زایی این جدایه ها در گلخانه روی رقم آگریا نشان داد که این جدایه ها در درصد بیماری و شاخص بیماری در 8 و در شدت بیماری در 5 خوشه ی آماری قرار گرفتند، درحالی که جدایه های فارس و اصفهان بیشترین شاخص های بیماری زایی را نشان دادند. برای تعیین تنوع ژنتیکی این جدایه ها پس از جدا و خالص سازی dna آنها، با استفاده از 15 آغازگر تحت واکنش زنجیره ای پلیمراز (pcr) قرار گرفتند و سپس با الکتروفورز افقی روی ژل آگارز، باندهای ژنومی آنها تشخیص داده شد و داده های ماتریسی به دست آمده با استفاده از نرم افزار nt sys-pc خوشه بندی آماری گردیدند. نتایج نشان داد که خوشه بندی آماری تنوع ژنتیکی این جدایه ها با آغازگر opp-16 (5´-ccaagctgcc-3´) بیشترین شباهت را با خوشه بندی شاخص بیماری زایی دارد. بنابراین از این آغازگر می توان برای تشخیص قدرت بیماری زایی این قارچ استفاده نمود. شناسایی عامل این بیماری در این 4 استان، نقش محیط، دما و اسیدیته در رشد پرگنه ی آن، قدرت بیماری زایی، تنوع ژنتیکی و امکان استفاده از آغازگر opp-16 برای شناسایی قدرت بیماری زایی جدایه ها برای اولین بار گزارش می شوند.