جنس prunus متعلق به خانواده rosaceae شامل گونه های مهم اقتصادی متعددی است که در نیمکره شمالی زمین از جمله ایران توزیع شده است. گونه های این جنس به علت اهمیت اقتصادی، تنوع ژنتیکی، مورفولوژیکی و اکولوژیکی مورد مطالعات مولکولی و باغبانی قرار گرفته است. امروزه در میوه کاری نوین و صنعتی، استفاده از دورگه های بین گونه ای برای دست یابی به پایه های پیوندی سودمند، مورد توجه می باشد. اخیراً با توسعه نشانگرهای مولکولی مختلف، امکان تشخیص و گزینش پایه های درختان میوه میسر شده است. هدف از این مطالعه ارزیابی تنوع، ساختار و روابط ژنتیکی ژنوتیپ ها و تهیه شناسنامه مولکولی برای پایه های امید بخش جنس prunus با استفاده از نشانگرهای aflp و ssr می باشد. بر این اساس 89 ژنوتیپ از جنس prunus شامل دورگه های آلو × بادام، گوجه × بادام، هلو × بادام، گوجه × زردآلو، آلو × زردآلو، برخی از ژنوتیپ های بادام، زردآلو، هلو، آلو و گوجه، گیلاس و نیز ژنوتیپ هایی با منشأ نامشخص، با استفاده از 25 نشانگر ssr و 5 ترکیب آغازگر aflp مورد بررسی قرار گرفتند. با استفاده از نرم افزارهای gcluto v. 1.0، splitstree 4، structure 2.3 و r 2.14.1 اغلب دورگه های (هلو × بادام) از دورگه های دارای یک والد آلو یا گوجه تفکیک گردیدند و ژنوتیپ های والدینی مطابق با تاکسونومی جنس prunusدر خوشه های مجزا گروه بندی شدند. دورگه های هلو × بادام بیشترین فاصله ژنتیکی را از دورگه های دارای یک والد آلو یا گوجه نشان دادند. وجود تنوع ژنتیکی و چند شکلی بالای نشانگر ssr امکان تهیه کلید های شناسایی اختصاصی برای پایه ها را فراهم کرد. همچنین در این تحقیق استفاده از ترکیب آغازگرهای نشان دار و آشکارسازی نوارها با کمک دستگاه licor در مقایسه با روش قدیمی نتایج کارآمدتری را نشان داد. بنابراین مطالعه حاضر می تواند در شناسایی پایه های دورگه ی امیدبخش بر اساس والدین و حفظ مالکیت معنوی آن ها مورد استفاده قرار گیرد.