در اندیشه حکمت متعالیه دو اصل کلی می توان یافت که بر نگرش امام خمینی نیز موثر بوده، این دو اصل عبارتند از : 1- اصل کل گرایی توحیدی (هستی شناسی) 2- حرکت جوهری (انسان شناسی). بر اساس این دو اصل، همه چیز توحیدی است و توحید است که پدیده های عالم را به هم ربط می دهد. از سوی دیگر، از منظر تحول گرای حکمت متعالیه، جوهر انسان دائماً در تحول و سیلان است و طی مراحل گوناگون به مرحله ی الهی می رسد. انسان کامل از نظر امام خمینی انسانی منزوی و به دور از اجتماع توصیف نمی شود، بلکه می بایست در متن اجتماع حضور داشته باشد، چنان که در اسفار اربعه نیز به این سیر الهی اشاره شده است. زیرا سیاست و حکومت از این منظر به منزله حکمفرمایی و تسلط نیست، بلکه به معنای هدایت و خدمتگزاری و محبت است، به همین جهت مبحث ولایت فقیه با مفهوم انسان کاملا ارتباط می یابد.