تحمل به شوری صفت پیچیده ی ژنتیکی و فیزیولوژیکی است که توسط مکان ژن های صفات کمی کنترل می شود. بنابراین، شناسایی ژن هایی که گیاهان قادرند در مقابل تحمل به تنش شوری بیان کنند، برای برنامه های اصلاحی، ضروری می باشد. به منظور نقشه یابی نواحی ژنومی مرتبط با تحمل به شوری و تعیین سهم هر qtlدر تنوع فنوتیپی صفت مربوطه، 72 لاین هاپلویید مضاعف جو به همراه والدین آنها (استپتو و مورکس)، در سال زراعی 91-1390 در مزرعه تحقیقاتی دانشکده کشاورزی دانشگاه زابل، در قالب طرح بلوک کامل تصادفی با 2 تکرار تحت دو شرایط نرمال و تنش شوری اجرا شد. صفات مورد بررسی شامل صفات فنولوژیک، مورفولوژیک و فیزیولوژیک نظیر محتوی کلروفیل، فلورسانس کلروفیل (fv/fm، fv، fo)، میزان پرولین برگ و میزان رطوبت نسبی (rwc) بود. پس از اندازه گیری صفات، ابتدا تجزیه های آماری شامل تجزیه واریانس، همبستگی بین صفات، رگرسیون گام به گام، تجزیه خوشه ای، تجزیه مولفه های اصلی و تجزیه عامل ها به کمک نرم افزار sas نسخه 0/9 انجام گرفت. نتایج تجزیه واریانس نشان داد تفاوت معنی داری بین لاین ها در دو شرایط نرمال و تنش برای اکثر صفات مورد بررسی وجود داشت. حداکثر همبستگی بین صفت روز تا سنبله دهی با روز تا گلدهی (??994/0 = r) مشاهده گردید. در رگرسیون گام به گام در شرایط نرمال تعداد دانه، دوره پرشدن دانه اولین صفاتی بودند که وارد مدل شده و در مجموع 90 درصد از تنوع کل را توجیه و درشرایط تنش به ترتیب طول میانگره، عرض برگ پرچم و ارتفاع بوته اولین صفاتی بوده که وارد مدل شده و در مجموع 43 در صد از تنوع کل را توجیه نمودند. در تجزیه به مولفه های اصلی در شرایط نرمال سه مولفه اول نزدیک به 50 درصد از تنوع کل را توجیه و در شرایط تنش چهار مولفه اول بیش از50 درصد از تنوع کل را توجیه نمودند. تجزیه به عامل ها چندین عامل پنهانی را استخراج نمود که بیش از 80 درصد از واریانس کل را توجیه کردند. عامل ها تحت عنوان عامل فنولوژیک، عامل ساختارهای ظاهری گیاه و عملکرد، عامل فیزیولوژیک، عامل ظرفیت عملکرد و پتانسیل تولید نامگذاری شدند. تجزیه qtl با استفاده از نقشه پیوستگی ژنتیکی حاصل از 327 نشانگر مولکولی rflp و نرم افزار qtl cartographer به روش مکان یابی فاصله ای مرکب (cim) انجام شد. برای صفات مورد بررسی در مجموع 206 qtl (برای شرایط نرمال 62 qtl، تنش شوری 68 qtl و برای میانگین دو شرایط 76 عدد qtl) بدست آمد. واریانس فنوتیپی توجیه شده بوسیله این qtlها از59/4 تا 47/53 درصد متغیر بود. بیشترین و کمترین واریانس فنوتیپی به ترتیب برای صفات طول سنبله (qsl3s) و روز تا گلدهی (qftd7s) در شرایط تنش شوری بدست آمد. lod در دامنه 99/13– 51/2 قرار داشت. بیشترین و کمترین lod به ترتیب مربوط به qtl های روز تا گلدهی (qftd2.2m) در میانگین دو شرایط و روز تا خمیری شدن دانه (qktd3n) در شرایط نرمال بدست آمد.