یکی از موانع عمده برای دستیابی به عملکرد بالا در تولید بذر برنج دورگه، خروج ناقص خوشه برنج در لاین نر عقیم سیتوپلاسمی است. لاین های cms با سیتوپلاسمwa، مشکل خروج ناقص خوشه دارند که در آن 40-30% سنبلچه ها در غلاف برگ پرچم باقی می مانند و این سنبلچه ها برای گرده افشانی قابل دسترس نیستند و باعث کاهش عملکرد برنج می شود بنابراین ما بدنبال مطالعه این صفت هستیم. خروج ناقص خوشه از طریق کاهش سطح سنتز جیبرلیک اسید ایجاد می شود، یک چالش بزرگی در تولید بذر برنج هیبرید بوجود آورده است. این مشکل بوسیله کاربرد جیبرلیک اسید برطرف شده است. ولی کاربرد جیبرلیک اسید باعث افزایش تولید بذر و همچنین اثر زیان آور روی کیفیت بذر هیبرید برنج از طریق کاهش خواب و انبار داری دارد. بنابراین اصلاح کنندگان برنج همواره در جستجوی راه حل ژنتیکی بجای کاربرد جیبرلیک اسید هستند. طول میانگره گیاه برنج، نقش مهمی در اندازه خروج خوشه بازی می کند. در این مطالعه تجزیه ژنتیکی ژن طویل کننده بالاترین میانگره با استفاده از نشانگرهای ssr در جمعیت f2 حاصل از گیاهان والدینی (ir62829a) و آمل-2 در گیاه برنج مورد مطالعه قرار گرفت. در این بررسی از 10 نشانگر ssr استفاده گردید و نشانگرهای rm304، rm258، rm269، rm147 و rm294 چند شکلی بین والدین را نشان دادند و نشانگرهای rm304، rm258 و rm269 با استفاده از نرم افزار join map در یک گروه لینکاژی قرار گرفتند. ژن طویل کننده بالاترین میانگره (eui) بین دو نشانگر rm304 و rm258 قرار گرفته است. فاصله ژن eui با نشانگر rm304 و rm258 به ترتیب 3 و 11 سانتی مورگان بدست آمده است. نشانگرهای ssr گزارش شده در این مطالعه برای اصلاح کنندگان در انتخاب ژن eui برای توسعه لاین های cms مفید خواهد بود.