تمام صورت بندی های ممکن برای ترکیب 3- مرکاپتو- پروپن سلنال ( mcps ) در سطوح با b3lyp و mp2 با تابع پایه 6-311++g** و g2mp جهت تعیین ترتیب پایداری صورت بندی ها و امکان تشکیل پیوند هیدروژنی درون مولکولی مختلف در فاز گازی بهینه شده اند. همچنین، محاسبات برای تمام صورت بندی های mcps در سطح b3lyp و همان تابع پایه انجام شده است. افزایش نسبی مرتبه قدرت پیوند هیدروژنی برای سیستم های پیوند هیدروژنی نشان می دهد s-h…se > se-h…s می-باشد و انرژی پیوند هیدروژنی برای این سیستم ها (mps1 و spt1) از روش شوستر و اسپینوزا به دست می آید. وجود پیوند هیدروژنی سبب افزایش عدم استقرار الکترون می گردد که پایداری ساختار mps1 را افزایش می دهد. به منظور مقایسه قدرت پیوند هیدروژنی، فرکانس های ارتعاشی پیوند s-h و se-h، طیف بینی nmr، انرژی سطوح homo-lumo و سد چرخشی برایmps1 و spt1 محاسبه شده اند. نقاط بحرانی و طبیعت پیوند هیدروژنی توسط تئوری اتم در مولکول بادر مورد تجزیه و تحلیل قرار گرفت. همچنین، از نظریه اوربیتال های پیوندی طبیعی برای فهم بهتر بر هم کنش های بین مولکولی استفاده شد. در بخش دیگر، گروهی از سیستم هایی که ساختاری کیلیت با پیوند هیدروژنیc-h … y (se =y ، o و s ) تشکیل می دهند، بررسی می شوند. پیوند هیدروژنی درون مولکولی برای مشتقات 4- سلنوکسو- بوت- 2- انال (sbe) در سطح b3lyp/6-311++g** مطالعه شده اند تا اثر استخلاف r بر روی ترکیب sbe مشخص گردد. مدل pcm برای تعیین اثر حلال استفاده شده است و خواص توپولوژیکی توزیع دانسیته الکترونی برای پل c-h…se در روش اتم در مولکول بادر تجزیه و تحلیل می شوند. روش nbo، طیف بینی nmr و جا به جایی شیمیایی، به خوبی فرکانس های کششی، به منظور ارزیابی بر هم کنش های پیوند هیدروژنی برای تمام مشتقات در همان سطح محاسبه شده اند. آروماتیسیته حلقه با چندین روش از قبیل شاخص homa، nics و پارامتری که اخیرا برای توصیف آروماتیسیتی به کار می رود (flu?) محاسبه می شود. نتایج نشان می دهد، برای سیستم های دارای پیوند هیدروژنی ضعیف، با وجود پیوندهای مزدوج پیوند هیدروژنی کمک رزونانس نمی باشد. وجود چندین کانفورمر، امکان معرفی مولکول مرجع بدون پیوند هیدروژنی c-h … y را می دهد. تمام پیوند های هیدروژنی موجود در ساختارهای مورد بررسی پیوند جا به جایی آبی نامعمول می باشند. در قسمت دیگر این رساله، مدل pcm برای بررسی اثر حلال بر روی استخلافات ترکیب sbe مورد استفاده قرار گرفته است. همچنین، محاسبات سدچرخشی برای چرخش حول زاویه h-c=o در ساختار و استخلاف هایش در دو فاز گاز و آب به کمک نظریه dft ودر تابع پایه 6-311++g** مورد محاسبه قرار گرفت.?