فلسفه علوم قرآنی به عنوان یکی از معرفت های درجه دوم درصدد آن است که مبادی و مبانی دانش علوم قرآنی را مورد ارزیابی و تنقیح قرار دهد. روش شناسی تحقیق در علوم قرآنی به مثابه یکی از مسایل مطرح در این حوزه بر آن است که به ما کمک نماید تا بتوانیم روش ها و رویکردهای پژوهشی شکل گرفته در این دانش اسلامی را کشف و بررسی نماییم. با تکیه بر چنین موضوعی می توان به این نتایج دست یافت : 1 ـ مطالعات و تحقیقات زیادی در دانش علوم قرآنی به وسیله روش های مختلف شکل گرفته است . 2 ـ امکان استفاده از روش های پژوهشی چون نقلی ، عقلی ، تحلیلی ، تطبیقی، میان رشته ای و ... در علوم قرآنی وجود دارد . 3 ـ هر یک از پژوهشگران و اندیشمندان علوم قرآنی از روش یا روش های خاص خود برای بررسی مباحث علوم قرآنی بهره جسته اند. از این مطلب می توان به بحث مهم کثرت گرایی روش شناختی در این حوزه معرفتی دست یافت . 4 ـ در هر یک از الگوهای روش شناختی مطرح در این رساله، با روشهای متعددی مواجه هستیم : سیوطی بیشتر از روش های نقل و اقتباس کمک گرفته است . زرقانی به جهت رواج شبهات مختلف در اطراف هر موضوع قرآنی ، روش های تحلیلی و انتقادی را ترجیح داده است . آیت الله خویی از روشهای نقلی ، عقلی ، تحلیلی ، تطبیقی و میان رشته ای مدد جسته است . علامه طباطبایی با نگرش فلسفی و منطقی ، روش های تحلیلی و استدلالی و میان رشته ای را برگزیده است . آیت الله معرفت نیز با رویکردی جامع نگر به تحلیل مباحث علوم قرآنی پرداخته است ، هم تقریبا توجه به اصول و فنون روش شناختی در تحقیقات ایشان به چشم می خورد و هم از روش‏های مختلف پژوهشی چون : نقلی و تاریخی ، عقلی و استدلالی ، توصیفی و تحلیلی ،تطبیقی و میان رشته ای و ... بهره جسته است .