گوجه فرنگی از نظر اقتصادی یکی از مهم ترین محصولات سبزی و صیفی در سطح دنیا می باشد. کشت گوجه فرنگی در ایران از اهمیت خاصی برخوردار می باشد و در سال های اخیر کشت گلخانه ای این محصول رشد فزاینده ای داشته است. بیماری های ویروسی به عنوان یکی از مهم ترین مشکلات موثر در کشت گوجه فرنگی در اکثر مناطق کشت و برداشت این محصول مطرح می باشند. تعدادی از ویروس های آلوده کننده گوجه فرنگی ویروس وای سیب زمینی (pvy)، ویروس ایکس سیب زمینی (pvx)، ویروس موزاییک گوجه فرنگی (tomv)، ویروس موزاییک خیار (cmv)، ویروس پژمردگی لکه ای گوجه فرنگی (tswv) و ویروس موزاییک آرابیس (armv) را شامل می شوند. هدف از این تحقیق بررسی وجود cmv ،tswv ، tomv و tmv می باشد. ویروس پژمردگی لکه ای گوجه فرنگی متعلق به خانواده بنیاویریده و از جنس توسپوویروس می باشد. این ویروس یکی از 10 ویروس گیاهی مخرب می باشد. این ویروس و تریپس ناقل آن همه جا منتشر شده و منجر به خسارت اقتصادی در محصولات کشاورزی می-شود. ویروس موزاییک گوجه فرنگی و ویروس موزاییک توتون متعلق به خانواده ویرقاویریده و از جنس توبموویروس می باشند که از ویروس های شایع و یک مشکل جدی در گوجه فرنگی در اکثر مناطق سبزی کاری دنیا هستند. ویروس موزاییک خیار متعلق به خانواده بروموویریده و از جنس کوکوموویروس می باشد. دامنه میزبانی وسیعی دارد و در مزارع ایران نیز شیوع دارد. از آنجا که ردیابی ویروس ها و بررسی تغییرات ژنتیکی جمعیت آنها گامی موثر در جهت کنترل ویروس ها می باشد، در نتیجه هدف از این تحقیق استفاده از روش های مناسب در ردیابی ویروس های شایع گوجه فرنگی با استفاده از مایه زنی گیاهان محک، روش-های سرولوژیک و مولکولی را شامل می شد. در مطالعه حاضر به منظور ردیابی ویروس های شایع گوجه-فرنگی از مزارع جنوبی آذربایجان شرقی طی تابستان و پاییز سال 1390 تعداد 205 نمونه گیاهی مشکوک به آلودگی با ویروس نمونه برداری شد. علائم شامل موزاییک، کوتولگی، باریک شدن برگ ها، بدشکلی برگ-ها و میوه ها و نکروز برگ ها بودند. در مطالعات گلخانه ای از گیاه سلمه تره (chenopodium amaranticolor) به عنوان میزبان لکه موضعی برای خالص سازی بیولوژیک و از کدو (cucurbita pepo) و توتون (nicotiana samson) به عنوان میزبان های تکثیری و تشخیصی ویروس های مذکور استفاده شدند. tas-elisa با آنتی بادی های تشخیص دهنده ویروس موزاییک خیار انجام شد و از 105 نمونه ای که مشکوک به آلودگی با cmv بودند 28 نمونه واکنش مثبت نشان دادند. آرتی-پی سی آر برای ویروس های cmv، اعضای جنس توسپوویروس و جنس توبموویروس انجام شد. برای جنس توسپوویروس، پی سی آر با یک جفت آغازگر منطبق بر قسمتی از آر.ان.ای بزرگ (l) و با دمای اتصال c?48 منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار به طول 800 جفت باز در شش نمونه آلوده شد. قطعات تکثیر یافته با پی سی آر با آنزیم های hindiii و ecori برش یافته و قطعه ای به طول 800 جفت باز ایجاد شد که نشان داد این جدایه ها متعلق بهtswv می باشند. برای جنس توبموویروس، پی سی آر با یک جفت آغازگر منطبق بر پروتئین پوششی و انتهای 3 و با دمای اتصال c?50 منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار به طول 800 جفت باز در 37 نمونه آلوده شد. قطعات تکثیر یافته با پی سی آر با آنزیم taqi برش یافته و دو قطعه به طول 282 و 430 جفت باز ایجاد شد که تعلق نمونه ها به tomv طبق پروفایل برشی را نشان می داد. در این تحقیق tmv در نمونه های جمع آوری شده ردیابی نشد. در مورد ویروس موزاییک خیار، پی سی آر با یک جفت آغازگر منطبق بر ژن رمز کننده پروتئین پوششی و با دمای اتصال c?50 منجر به تکثیر قطعه مورد انتظار به طول 870 جفت باز در شش نمونه شد. قطعات تکثیر یافته در پی سی آر با آنزیم mspi برش یافته و نشان داده شد که جدایه ها در زیر گروه i ویروس موزاییک خیار قرار دارند. قطعات تکثیر یافته 800 جفت بازی tswv به پلاسمید ptz57r متصل و در باکتری e. coli dh5? کلون شدند. باکتری های ترانسفورم شده با پلاسمید نوترکیب بر روی محیط کشت lb حاوی آمپی سیلین، iptg و x-gal غربال شده و پلاسمید از آنها به روش لیز آلکالینی استخراج گردید. پلاسمیدهای استخراج شده با آنزیم های ecori و hindiii با محل اثر در دو طرف محل اتصال دی.ان.ای خارجی برش داده شدند. پلاسمید برای تعیین توالی به شرکت bioneer کره جنوبی ارسال شد و بعد از آنالیز توالی ها تعلق جدایه ها به ویروس پژمردگی لکه ای گوجه فرنگی اثبات شد.